פיטר פארקר (אנדרו גארפילד) חי את חייו כפיטר המוכר, אך גם ממשיך לשאת את הזהות של ספיידרמן, גיבור העיר ניו יורק. הוא נהנה מהכוח ומהאחריות שבאה עם התפקיד, ומקדיש זמן איכות לאהובתו גוון (אמה סטון), שמלווה אותו בכל צעד. למרות האתגרים, פיטר ממשיך להגן על תושבי העיר מפני איומים שונים, כשהוא מתמודד עם אויב חדש ומסוכן בשם אלקטרו (ג'יימי פוקס), שמסוגל לשלוט בחשמל ולהפוך את ניו יורק לזירת קרב מסוכנת.
במקביל, פיטר מתמודד עם חזרתו של הארי אוסבורן (דיין דיהן), חבר ילדותו שהפך לדמות מורכבת ומסוכנת, שמאיימת לערער את האיזון בעיר. כל האויבים, כולל אלקטרו והארי, קשורים בדרך כלשהי לאוסקורפ, החברה המסתורית והמסוכנת שמאחורי רוב הקונפליקטים. פיטר נאלץ להתמודד לא רק עם האיומים הפיזיים, אלא גם עם ההשלכות האישיות והמורכבות של זהותו הכפולה. הסיפור מתמקד במאבק הפנימי של פיטר בין הרצון להגן על אהוביו לבין הצורך להילחם באויבים שמסכנים את העיר כולה. ככל שהמתח גובר, פיטר מבין שהקרבות שלו הם לא רק נגד כוחות חיצוניים, אלא גם נגד הפחדים והאובדן האישי שמלווים אותו. המאבק בין ספיידרמן לאויביו הוא לא רק קרב על העיר, אלא גם על נשמתו ועל עתידו של פיטר פארקר עצמו. בסופו של דבר, פיטר מבין שעליו לקבל החלטות קשות ולהקריב דברים יקרים לו כדי להגן על העיר ועל האנשים שהוא אוהב. מערכת היחסים שלו עם גוון מתמודדת עם המתח והסכנות שמלווים את חייו כספיידרמן, והוא נאלץ להתמודד עם האובדן והכאב שמגיעים עם התפקיד. הארי אוסבורן, שהפך לאויב מסוכן, מייצג את הסכנות שבקשר בין כוחות גדולים לאחריות כבדה. הסרט מציג את המורכבות שבגיבור-על, שבה כוח גדול מלווה באחריות גדולה, ואת הקונפליקט הפנימי בין הרצון לחיות חיים רגילים לבין הצורך להקריב למען הטוב הכללי. "ספיידרמן המופלא 2" הוא סיפור על גבורה, אהבה, אובדן ותקווה, שמעמיק בדמויות ומציע חוויה קולנועית מרגשת ומותחת.
