טדי (ג'סי פלמונס) ודון (אידן דלביס) הם שני צעירים שסובלים מאובססיה לתיאוריות קונספירציה שמובילות אותם לפעולה קיצונית. הם חוטפים את מישל (אמה סטון), מנכ"לית בכירה של חברה גדולה ומשפיעה, מתוך אמונה משותפת שהיא למעשה חייזרית שמטרתה להשמיד את כדור הארץ. טדי, שמוביל את המהלך, משוכנע שמישל היא איום קיומי על האנושות, והם חייבים לעצור אותה בכל מחיר. במהלך החטיפה, מתגלה עולם מורכב של חשדות, פחדים ותהיות על טבע האדם והזרים בו. מישל, שנכנסת למצב של כליאה בלתי צפוי, מנסה להבין את מניעיהם של טדי ודון ולהשתמש ביכולותיה כדי לשרוד את המצב. לצד המתח והסכנה, מתפתחת דינמיקה מורכבת בין החוטפים לבין הקורבן, שמעלה שאלות על אמונה, זהות ומניעים אישיים. הסרט מציג את המאבק בין מציאות לדמיון, בין פחדים לאמת, כשהדמויות מתמודדות עם גבולות התודעה והאמונה שלהן. טדי, שמגלם את הדמות המרכזית בסיפור, מוביל את העלילה במאבק פנימי וחיצוני, כשהוא נאבק לא רק במישל, אלא גם בעצמו ובתפיסותיו על העולם. העלילה מתפתחת במתח גובר, כשהסכנה לכדור הארץ מתקרבת והבחירות של טדי ודון הופכות קריטיות להמשך קיומו של העולם. הסרט בוחן את גבולות ההיגיון והטירוף, ואת ההשלכות של אמונות קיצוניות כשהן מתממשות במציאות. במהלך החטיפה, מתגלה כי מישל אינה כפי שטדי ודון תיארו אותה, והיא מנסה לשכנע אותם שהחשדות שלהם שגויים. טדי מתמודד עם ספקות פנימיים, כשהוא מתחיל להבין שהאמת מורכבת יותר ממה שחשב. מישל חושפת מידע על החברה שלה ועל כוונותיה האמיתיות, מה שמערער את אמונותיהם. היחסים בין השלושה הופכים למורכבים, כשהם נאלצים להתמודד עם שאלות מוסריות ועם ההשלכות של מעשיהם. העלילה מתקדמת לעבר התנגשות בלתי נמנעת, כשהבחירות של טדי ודון עשויות לשנות את גורל כולם. הסרט משלב אלמנטים פסיכולוגיים ודרמטיים, ומעלה תהיות על טבע האמונה והאמונה בעצמנו. בסופו של דבר, "בוגוניה" מציג מסע של גילוי עצמי, התמודדות עם פחדים וגבולות בין אמת לדמיון.
