אנאקין סקייווקר (היידן כריסטנסן) מוצא את עצמו במרכזו של סיפור אפל שבו הרפובליקה מתפוררת לאט לאט תחת משקל הקונפליקטים הפנימיים והחיצוניים. כגיבור מלחמה שנאבק למען הצדק, הוא נמשך לאט לאט אל הצד האפל של הכוח, מושפע מתאוות הכוח והפחד לאבד את האנשים שהוא אוהב. תוך כדי כך, הקנצלר פלפטין (איאן מקדרמיד), שמתחזה למנהיג נאמן, מנצל את חולשותיו של אנאקין כדי להפוך אותו לכלי בידו ולבסס את שלטונו הדיקטטורי. פלפטין הופך לדיקטטור שנוא, שמטיל אימה על הגלקסיה ומקים משטר של טרור שמדכא את האזרחים ומפזר ייאוש בקרב העם.
בעוד תומכיו של המשטר נהנים משגשוג ונוחות, רבים מהלויאליסטים של הרפובליקה לוחשים על תקופת הזוהר שהייתה ועל התקווה לימים טובים יותר. הם זוכרים את ימי התהילה של הג'דיי ושל הרפובליקה ומקווים לרגע שבו יוכלו לשוב ולשקם את מה שאבד. עם זאת, הסכנה הולכת ומתקרבת, והסוף נראה בלתי נמנע. אנאקין, שבעבר היה גיבור, הופך למפלצת שהרסה את כל מה שהיה יקר לו, והגלקסיה נכנסת לתקופה חשוכה ומדכאת. הסרט עוקב אחר התהליך שבו אדם טוב הופך למושחת, וההשלכות של בחירותיו על גורל הגלקסיה כולה. הקרב בין האור והחושך מתגלה לא רק במלחמות החיצוניות, אלא גם במאבק הפנימי של כל דמות, כשהעתיד תלוי בהחלטות שייקחו ברגעים הקריטיים. מלחמת הכוכבים: פרק 3 – נקמת הסית' הוא סיפור על נפילה, בגידה ותקווה שנשארת חבויה מתחת לפני השטח.
