אוביוואן קנובי (יואן מקגרגור) ופדמה אמידאלה (נטלי פורטמן) מתמודדים עם סכנות חדשות כשהם נחשפים לאיומים על חייה של פדמה, שכעת מכהנת כסנאטורית. אנאקין סקייווקר (היידן כריסטנסן), שהפך לתלמיד ג'דיי, מוקצה יחד עם אוביוואן לשמור על פדמה ולהגן עליה מפני אותם איומים מסתוריים. בזמן שאוביוואן יוצא לחקור את המקור לאיומים ברחבי הגלקסיה, הוא נתקל בדמויות חשובות, ביניהן פושע מסוכן שמשפיע על המתרחש. אנאקין נשאר לצד פדמה בנאבו, שם מתפתחת ביניהם מערכת יחסים מורכבת וטעונה, כשהם נאבקים ברגשות האסורים שמתחילים לפרוח ביניהם.
במקביל, הקנצלר פלפטין (איאן מקדרמיד) מרכיב צבא גדול שיתמוך ברפובליקה במאבק המתקרב, ומכין את הקרקע למלחמה עצומה שתשפיע על גורל הגלקסיה. אוביוואן, אנאקין ופדמה מוצאים את עצמם במרכז קונפליקט הולך ומתרחב, כשכוחות גדולים מתכוננים לקרב שיכריע את עתיד הרפובליקה. ההחלטות שהם יקבלו לא רק ישפיעו על חייהם האישיים, אלא גם על עתיד כל הגלקסיה. מלחמת הכוכבים: פרק 2 - מתקפת המשובטים מציג את המתח בין חובותיהם כלוחמי ג'דיי לבין רגשותיהם האישיים, כשהם נאבקים לשמור על האיזון בעולם שמאיים להתמוטט סביבם. במהלך הסרט, מתגלה כי צבא המשובטים נוצר בהוראתו של הקנצלר פלפטין, שמנצל את המצב הפוליטי כדי לחזק את שליטתו. אוביוואן מגלה רשת קונספירציה שמובילה אותו אל דוקטור דדוס, מדען שהשתתף ביצירת הצבא. הקרבות בין כוחות הרפובליקה לבין כוחות הסיטריים מתגברים, כאשר אנאקין ופדמה מתמודדים עם רגשותיהם המורכבים. בסצנות המפתח, אנאקין מוביל מתקפה נועזת להצלת אמו, מה שמעמיק את הקונפליקט הפנימי שלו. הסרט מסתיים בקרב גדול שבו ג'דיי רבים נלחמים לצד צבא המשובטים נגד כוחות הסיטריים, ומציג את תחילתו של שינוי דרמטי בגלקסיה. העלילה מדגישה את המאבק בין אור לחושך, ומכינה את הקרקע לאירועים המרכזיים שיתרחשו בפרק השלישי של הסדרה.
