ג'ייסון בורן (מאט דיימון) הוא סוכן CIA לשעבר שהתעורר מהשכחה, כשהוא מנסה להרכיב את פאזל חייו האבודים. הזיכרונות שצצו מחדש חושפים לו עבר אפל ומסוכנים, ומעוררים בו רצון עז לנקום ולהביא צדק. במקביל, סוכני ממשלה ממשיכים לצוד אותו, מתוך חשש שחשיפת סודותיו תערער את האינטרסים שלהם. בורן מגלה כי הוא חלק ממשימה סודית בשם "פרויקט טרדסטון", שהשתדרגה ל"פעולה בלקבריאר" – תוכנית חשאית ואלימה שמטרתה לייצר סוכנים בלתי נראים. הסיפור מתפתח במהירות כאשר עיתונאי בשם סיימון רוס (דייוויד סטראתיירן) חושף בטעות את הפעולה הסודית, מה שמוביל לשרשרת אירועים מסוכנת הכוללת ניסיון התנקשות במוסקבה. בורן, שמבין שהוא תחת מעקב צמוד, מנווט בין רשת של בגידות, רדיפות ומאבקים פנימיים בתוך סוכנות הביון. הוא נעזר בקשריו הישנים ובג'וליה סטיילס, שמסייעת לו לחשוף את האמת ולהישאר צעד אחד לפני אויביו. המרדף אחר בורן מתרחש במגוון ערים ברחבי העולם, כאשר הוא מנסה לשבור את המעגל האפל של סודות ושקרים שנכרכו סביבו. בורן נאלץ להתמודד לא רק עם האויבים שמנסים להשתיק אותו, אלא גם עם הקולות הפנימיים שמאבדים אותו בין זהותו האבודה לבין האדם שהוא רוצה להיות. בכל צעד, הוא מבין שהמחיר של האמת גבוה במיוחד, וההישרדות שלו תלויה ביכולתו לחשוף את כל מה שהוסתר ולהביא את הצדק לידי ביטוי. בסופו של דבר, בורן מצליח לגלות מי עומד מאחורי הפעולה הסודית ולהביא לחשיפת האמת לציבור. הוא מתמודד עם סוכנים מסוכנים ומכשולים רבים, אך נחישותו והאינטליגנציה שלו מאפשרות לו לשרוד ולהימלט. הסרט מסתיים בתחושת סגירת מעגל, כאשר בורן מקבל שליטה מחודשת על חייו ומתחיל דרך חדשה, חופשי מהעבר האפל שהטריד אותו במשך שנים רבות.
