דיוויד ווב, שמוכר בעולם תחת השם ג'ייסון בורן, מוצא את עצמו שוב במרכז סערה מסוכנת אחרי רצח סגן ראש ממשלת סין. למרות שהממשל האמריקאי מתעקש שג'ייסון בורן אינו קיים, חקירות בינלאומיות מצביעות על כך שהוא חי ונושם, אך מישהו מסתיר את זהותו האמיתית ומשתמש בה כדי לבצע רצח פוליטי. ווב, שנאלץ להסתתר ולשכוח את עברו, נגרר חזרה אל עולם הריגול והמרגלים כשהוא מגלה שמישהו מנצל את זהותו כדי לבצע פשעים קטלניים. כשהחברה שלו נחטפת, ווב מחליט לאמץ מחדש את זהות בורן ולפעול מתוך הצללים כדי להציל אותה. הוא משתמש בכל הכישורים והניסיון שצבר בעברו כדי לשרוד ולהילחם באויבים הנסתרים שמנסים להשמיד אותו. במקביל, הוא מנסה לחשוף את האמת מאחורי המניעים והכוחות שפועלים נגדו, ולנטרל את המתנקש המסתורי שמאיים על חייו וחיי הקרובים לו. במאבק מסוכן ומורכב זה, ווב נאלץ להתמודד עם העבר שלו ולמצוא דרך לשים סוף למעגל האלימות והבגידות שמקיף אותו, במטרה לשמור על עצמו ועל אלה שהוא אוהב. זהות במלכודת מציגה את המאבק הפנימי והחיצוני של גיבור שמנסה לשמור על האנושיות שלו בתוך עולם של ריגול, סודות ומסכות. במהלך המסע, ווב מגלה כי האויבים שלו אינם רק סוכנים זרים, אלא גם אנשים מתוך הממשל האמריקאי עצמו, שמנסים להסתיר את המעורבות שלהם בפעולות הלא חוקיות. הוא פוגש שוב את מריסה, סוכנת ה-CIA לשעבר, שמסייעת לו לחשוף את הקשרים המורכבים בין המודיעין האמריקאי לבין הרצח. במאבק המתמשך, ווב משתמש בכישורי הלחימה והחכמה שלו כדי להימלט ממלכודות ולהוביל את האויבים למלכודת משלהם. לבסוף, הוא מצליח להציל את חברתו ולהביא לחשיפת האמת, אך מודע לכך שהמאבק על זהותו ועל חירותו עדיין לא תם. הסרט מסתיים בהבנה שווב חייב להמשיך להילחם כדי לשמור על עצמו ועל עקרונותיו בעולם שבו האמת מוסתרת והסכנות מתמידות.
