ג'י.איי.ג'ו: סוגרים חשבון מתמקד בצוות ג'י.איי.ג'ו שנפל למלכודת מתוחכמת שהציב זארטן, מנהיג הדרדנוקס. זארטן מצליח להפליל את הצוות, ובכך להפוך את מנהיגי העולם לשבויים תחת שליטתו. הבית הלבן נכבש על ידי קוברה, הארגון האויב, שמכוון נשק גרעיני לעבר ערים מרכזיות ברחבי העולם. רוב חברי הצוות נהרגים במתקפה פתאומית של זארטן, אך כמה שורדים שנשארו חייבים להיעלם מהעין הציבורית ולהתחבא כדי להוכיח את חפותם. בהובלתו של דוויין ג'ונסון, הצוות המפוזר מתאחד מחדש במאבק נואש למנוע את הפגיעה הגרעינית ולהחזיר את השליטה לידיים הנכונות. הם נאלצים להתמודד לא רק עם האויבים החיצוניים אלא גם עם הפוליטיקה והבגידות שמסביב, כשזארטן משתמש בכל האמצעים כדי לחסל אותם אחת ולתמיד. המאבק על ההישרדות הופך למאבק על עתיד העולם, והג'י.איי.ג'ו חייבים להוכיח שהם לא רק לוחמים מיומנים אלא גם גיבורים אמיתיים שיכולים לשנות את המצב הקשה שבו הם מצויים. כל רגע קריטי, וההצלחה תלויה ביכולתם להתגבר על האתגרים הפנימיים והחיצוניים כדי לעצור את האיום הגרעיני שמרחף מעל האנושות. כשהג'י.איי.ג'ו מצליחים לחשוף את מזימותיו של זארטן, הם מגלים כי הוא שולט גם במכשירים טכנולוגיים מתקדמים שמאפשרים לו לשלוט על נשק גרעיני מרחוק. למרות הקשיים והבגידות, הצוות מתארגן מחדש עם סיוע של לוחמים חדשים וותיקים, ביניהם לי ביונג-הון ואלודי יונג, שמביאים איתם מיומנויות חדשות וידע טקטי. במהלך הקרבות המתחלפים, הם מצליחים לשחרר את מנהיגי העולם שבשליטת זארטן ולהחזיר את הבית הלבן לידיים חוקיות. בסופו של דבר, בזכות אומץ, נאמנות ועבודת צוות בלתי מתפשרת, הג'י.איי.ג'ו מצליחים למנוע את הפעלת הנשק הגרעיני ולהבטיח שלום זמני. הסרט מדגיש את החשיבות של אחריות אישית, אמון הדדי והמאבק המתמיד נגד כוחות הרשע, כשהוא משאיר פתח להמשך עתידי של הסדרה.
