בשנת 2029, עתיד קרוב שבו העולם נמצא על סף משבר עולמי, צוות הגי איי ג’ו – יחידה מיוחדת של לוחמים מיומנים – נאבק בארגון הטרור קוברה, שמאיים להשתלט על העולם. העלילה מתרחשת בעשור שלפני הקמת יחידות הגי איי ג’ו וקוברה, ומציגה את הרקע הדרמטי להיווצרותן. במהלך הסרט, הלוחמים נעים בין אתרים שונים ומגוונים, החל מהאזור הארקטי הקפוא ועד לערים הגדולות כמו פריז ומוסקבה, ממשיכים בוושינגטון די.סי. ועד לאזורים המדבריים של סהרה ואוסטרליה, במטרה לעצור את מזימות קוברה.
הסרט מתמקד בדמויות מרכזיות מתוך צוות הגי איי ג’ו, שכל אחת מהן מביאה איתה מיומנויות ייחודיות ויכולות לחימה מתקדמות. הם מתמודדים עם איומים טכנולוגיים וטרוריסטיים שמטרתם לשבש את היציבות העולמית ולהשתלט על משאבים חשובים. הארגון קוברה, בראשות מנהיגים אפלים, משתמש בטכנולוגיה מתקדמת ובכוח אדם מיומן כדי לקדם את מטרותיו, והקרב בין הצדדים מתנהל במגוון זירות לחימה מסוכנות ומורכבות. המאבק בין הגי איי ג’ו לקוברה הוא לא רק פיזי אלא גם פסיכולוגי, כאשר כל צד מנסה להקדים את השני בתכנון אסטרטגי וביצוע פעולות חתרניות. הסרט מציג את המתח המתמיד ואת המחיר האישי שכל לוחם משלם במאבק לשמירת העולם מפני שליטה טוטליטרית. בתוך כל הקונפליקט, נחשפים רגעים של נאמנות, גבורה והתמודדות עם אתגרים בלתי צפויים, כאשר גורל האנושות תלוי בהחלטותיהם ובפעולותיהם של הגיבורים.
