צבי הנינג'ה, ארבעה אחים יוצאי דופן, פותחים פרק חדש בחייהם בניו יורק ומבקשים להיטמע ולהיות מקובלים על ידי תושבי העיר. הם אינם רק לוחמים מיומנים אלא גם בני נוער שמחפשים מקום שבו יוכלו להיות עצמם, לקבל אהדה והערכה. מתוך המניע הזה, הם יוצאים למבצעים הרואיים ברחובות העיר, מצילים אזרחים ופועלים נגד הפשע כדי לזכות בלב התושבים. חברתם הקרובה, אפריל אוניל (רוז ביירן), תומכת בהם ומסייעת להם לנווט בין האתגרים של חיי היום-יום והמאבק בפשע.
הסכנה הגדולה מגיעה מארגון פשע מסתורי שמנסה להשתלט על העיר באמצעות צבא של מוטנטים, יצורים משונים ומסוכנים שנשלחים להילחם בצבי הנינג'ה. הקרבות בין הצדדים מתוחים ומסוכנים, והאחים נאלצים להתגבר על הפחדים והקונפליקטים הפנימיים שלהם כדי להגן על העיר ועל האנשים שהם אוהבים. כל אחד מהצבים מביא איתו כישורים ייחודיים, והם לומדים לשתף פעולה בצורה מושלמת כדי להתמודד עם האיום המשותף. במהלך המסע, הם מגלים שהמאבק על קבלת החברה אינו רק על ניצחון פיזי אלא גם על היכולת להישאר נאמנים לעצמם ולחברויות החשובות להם. הקרב נגד הארגון המסתורי והצבא המוטנטי הופך למבחן אמיתי של אומץ, נאמנות ואחדות. צבי הנינג'ה: טירוף המוטנטים הוא סיפור על חברות, זהות ומאבק על מקומם בעולם שבו כל אחד רוצה להרגיש שייך. הסרט מדגיש גם את החשיבות של קבלת השונה והכוח שבאחדות בין דמויות שונות. באמצעות ההומור, האקשן והקונפליקטים האישיים של הצבים, נחשפים נושאים חברתיים רלוונטיים כמו קבלת האחר, התמודדות עם זהות עצמית ויצירת קשרים משמעותיים. בסופו של דבר, צבי הנינג'ה מצליחים לא רק להגן על העיר אלא גם להוכיח שלכל אחד יש מקום בעולם, ללא קשר למראה או למקורו, וכי האומץ והלב הפתוח הם המפתח לשינוי אמיתי וקבלה חברתית.
