שרק (מייק מאיירס) פותח פרק חדש בחייו כשהוא נאלץ להתמודד עם משימה לא צפויה – ירושת כס המלכות של ממלכת פארה פיט. המלך הרולד, אביה של הנסיכה פיונה (קמרון דיאז), חולה מאוד, ושרק, שהינו היורש הטבעי, נדרש לוותר על הביצה שלו ולהתאים את עצמו לחיים בארמון המלוכה. המעבר מחיים פשוטים בביצה למלוכה מפוארת מלווה באתגרים רבים, בהם ההתמודדות עם נימוסים וחובות חדשים שלא היו מוכרים לו. במקביל, שרק יוצא למסע יחד עם חבריו הוותיקים – החמור (אדי מרפי) והחתול במגפיים (אנטוניו בנדרס) – במטרה למצוא את ארתור, בן דודו הצעיר, ולהכינו לכתר במקומו. ארתור, המכונה ארטי, הוא נער מתבגר שמסרב בתחילה לקבל את תפקידו המלכותי, אך עם הזמן לומד לקבל את גורלו ולהתמודד עם אחריות גדולה. הנסיכה פיונה לא נשארת בצד ומאגדת את חבריה כדי לתמוך בשרק ובארטי במאבקם נגד נסיך שארמינג (רופרט אוורט), שמנסה להפוך את הממלכה לכוחו באמצעות הפיכה. הסרט עוקב אחר ההרפתקאות המורכבות של שרק וחבריו, כשהם נאבקים לא רק באיומים חיצוניים אלא גם בהתלבטויות פנימיות לגבי זהות, אחריות וחברות. שרק נדרש ללמוד להוביל, להקריב ולהתמודד עם שינוי דרמטי בחייו, בעוד נסיך שארמינג מנסה לנצל את המצב לטובתו. המאבק על הכתר והעתיד של הממלכה הופך לסיפור על אומץ, נאמנות וקבלת השונה, כשהגורל של כל הדמויות תלוי בהחלטותיהם ברגעים הקריטיים. בנוסף, הסרט מציג רגעים קומיים רבים שמאזנים את הדרמה, כמו סצנות בהן שרק מנסה להסתגל לחיים בארמון ומגלה שקשה לו לעמוד בציפיות המלכותיות. החיבור בין הדמויות, במיוחד בין שרק, החמור והחתול במגפיים, מדגיש את חשיבות החברות והעזרה ההדדית במצבים מאתגרים. בסופו של דבר, שרק וארטי מצליחים להתגבר על הקשיים, לבסס את שלטונם ולהגן על הממלכה מפני נסיך שארמינג, כשהם מגלים שכל אחד מהם יכול להיות מנהיג בדרכו הייחודית. הסרט מסתיים בהודיה על ההרפתקה, כשהמסר המרכזי הוא שלקיחת אחריות וצמיחה אישית הם חלק בלתי נפרד מהחיים, גם אם זה דורש ויתורים ושינויים משמעותיים.
