קני טרנט (סטיב זאן) ודאג מקאליסטר (ג'ק בלאק) הם חברים טובים שחולמים להפיק מחדש את הסרט הקלאסי "אנקונדה". השניים יוצאים למסע לאמזונס, שם מתכוונים לצלם את הסרט החדש שלהם בסביבה האותנטית של הג'ונגל. עם זאת, מה שהתחיל כהפקה קולנועית רגילה הופך במהרה לסיוט אמיתי כאשר הם נתקלים בנחש אנקונדה ענקי וחי. המפגש עם היצור המסוכן הופך את הצילומים למאבק הישרדות אמיתי, שבו כל צעד יכול להיות קריטי. רונלד 'גריף' גריפן ג'וניור (פול ראד) מצטרף אליהם, ומנסה לעזור להוציא את הפרויקט אל הפועל, אך המצב הופך מורכב יותר ויותר ככל שהאנקונדה מתקרבת. קלייר סימונס (טנדי ניוטון) ואנה אלמיידה (דניאלה מלצ'יור) מוסיפות עומק ודינמיקה לקבוצה, כל אחת עם המניעים והפחדים שלה. במהלך ההתמודדות עם הטבע האכזרי, הם נאלצים להתמודד לא רק עם האיום הפיזי של הנחש הענקי אלא גם עם המתחים והקונפליקטים בתוך הקבוצה. הסרט מציג כיצד חלום קולנועי יכול להפוך לסכנת חיים אמיתית, כאשר הגבולות בין מציאות לפנטזיה מטושטשים. הצוות חייב למצוא את הדרך לשרוד בג'ונגל האכזרי ולשמור על חייהם, כשכל החלטה עשויה להיות ההבדל בין חיים למוות. המאבק נגד האנקונדה הופך לסמל של המאבק האנושי לשרוד מול כוחות הטבע האימתניים והבלתי צפויים. הקבוצה מגלה שהנחש האנקונדה לא רק חיה מסוכנת אלא גם יצור חכם ומאורגן, שמאתגר את יכולותיהם ואת האמון ביניהם. ככל שהזמן עובר, הם מפתחים קשרים עמוקים יותר, ולומדים להסתמך זה על זה כדי לשרוד. לצד המאבק הפיזי, מתעוררים שאלות על מוסריות הצילום במקום כל כך מסוכן ועל המחיר האישי של השאיפה להצלחה. במהלך המסע, קני טרנט מתמודד עם פחדיו הפנימיים ומגלה כוחות שלא ידע שקיימים בו, בעוד דאג וגריף מנסים לשמור על האופטימיות והתקווה. בסופו של דבר, הסרט מציג לא רק את האימה שבטבע אלא גם את כוח הרצון האנושי, האומץ והחברות שנבנים במצבים הקשים ביותר.
