בשנת 1954 מגיע טדי דניאלס (לאונרדו דיקפריו), סוכן פדרלי לשעבר, יחד עם שותפו צ’אק אול (מארק ראפלו) לאי שאטר, שבו שוכן בית חולים פסיכיאטרי לאסירים מסוכנים, כדי לחקור את היעלמותה של אסירה רוצחת שנמלטה מהמוסד. האי, מבודד וסוער, מהווה במה לאווירה אפלה ומסתורית שבה כל דמות נושאת סוד משלה. טדי מתמודד לא רק עם החקירה עצמה אלא גם עם זיכרונות כואבים מהעבר, ביניהם דולורס (מישל ויליאמס), אשתו שנפטרה, והטראומה האישית שהותירה בו.
במהלך החקירה, טדי נתקל בהתנגדות מצד הצוות הרפואי, בראשם ד"ר קולי (בן קינגסלי) וד"ר ניירינג (מקס פון סידוב), שמתחמקים מתשובות ומסתירים פרטים חשובים. ככל שטדי חופר עמוק יותר, מתגלה שהאי עצמו הוא מלכודת של מניפולציות וסתירות, שבהן לא ברור מה אמיתי ומה דמיון. האמת מתערבבת עם הזיות, והגבולות בין שפיות לטירוף מטושטשים. טדי מוצא את עצמו מתמודד עם סודות אפלים שמאיימים לשבור את יציבותו הנפשית, כשהחקירה הופכת למסע פנימי מורכב בין מציאות לאשליה. בסופו של דבר מתברר שטדי דניאלס (לאונרדו דיקפריו) הוא בעצמו אסיר במוסד, והחקירה הייתה חלק מטיפול פסיכולוגי מתוחכם שנועד לעזור לו להתמודד עם מעשיו בעבר. האי שאטר, עם כל המסתורין שבו, משמש כסמל למאבק הפנימי של טדי בין האמת לשקר, בין שפיות לטירוף, כשהבחירה האם להישאר בשפיות או להיכנע לטירוף תלויה בו בלבד.
