פדינגטון (בן ווישאו) חוזר לפרו, ארץ מולדתו, כדי לבקר את דודה לוסי (אימלדה סטונטון), שחיה בבית אבות לדובים פרושים. המשפחה בראון – הנרי (יו בונוויל), מרי (אמילי מורטימר) ובנותיהם ג'ודי (מדלין האריס) וג'ונתן – מצטרפים אליו למסע מלא הרפתקאות. כשהם מגיעים לפרו, הם מגלים שהבית של דודה לוסי נמצא בסכנה, ומסתורין מסתורי מוביל אותם למסע מסוכן ומרגש דרך יערות האמזונס הסבוכים ולפסגות ההרים המרהיבות של פרו. במהלך המסע הם נתקלים בדמויות שונות, ביניהן אם המנזר (אוליביה קולמן), שמסייעת להם להתמודד עם האתגרים הרוחניים והפיזיים שבדרך. האנטר קאבוט (אנטוניו בנדרס), דמות מסתורית וחשודה, מנסה לעצור אותם בכל דרך, והמשפחה חייבת להתגבר על פחדים ועל מכשולים רבים כדי להציל את ביתה של דודה לוסי ולגלות את האמת מאחורי הסכנה המאיימת. פדינגטון, עם תכונותיו החמודות והטובות, מוביל את כולם באומץ ובחכמה, כשהקשר בין חברי המשפחה מתהדק והם לומדים על חשיבות השייכות והאהבה. המסע בפרו חושף לפניהם נופים עוצרי נשימה, תרבויות עתיקות וסודות שלא נחשפו עד כה, וכל זאת תוך כדי התמודדות עם האתגרים שמציבים הטבע והאויבים. בסופו של דבר, פדינגטון והבראונים נאלצים להחליט כיצד לשמור על המקום היקר להם ועל הקשר המיוחד עם דודה לוסי, כשכל צעד במסע מקרב אותם זה לזה ומחזק את הקשר המשפחתי. אם המנזר, בדמותה של אוליביה קולמן, מגלמת דמות מרכזית שמציעה חכמה ותמיכה רוחנית במהלך ההרפתקה. היא עוזרת לפדינגטון ולמשפחת בראון להבין את המשמעות העמוקה של הבית, השייכות והמסורת המקומית. יחד עם זאת, היא מלווה אותם בהרפתקאות ובאתגרים שמגיעים עם השמירה על הטבע והמורשת הפרואנית. לאורך המסע, הקשר בין הדמויות מתפתח, והם לומדים להעריך את החשיבות של שיתוף פעולה, אמונה בעצמם ובאחרים, ואת הכוח של אהבה וחמלה, המסייעים להם להתגבר על כל המכשולים.
