בשנת 1962, בעיצומה של המלחמה הקרה, אליסה (סאלי הוקינס) חיה בבדידות בתוך עולם סגור ומוגבל. היא עובדת במעבדה בטחונית סודית שבה נשמרים סודות גדולים ומסוכנים. אליסה, שתקנית ומבודדת, מוצאת את עצמה מתמודדת עם שגרה קפדנית ועם תחושת ניכור עמוקה. יום אחד, במסגרת עבודתה, היא מגלה ניסוי סודי וקטלני – יצור ימי מסתורי שנלכד ונחקר במעבדה. היצור, שונה ומוזר, מעורר באליסה רגשות של חמלה וסקרנות, והיא מתחילה ליצור איתו קשר מיוחד ובלתי צפוי. במקביל, אליסה מתמודדת עם לחצים של המערכת הצבאית והמדעית, שמבקשים לנצל את היצור למטרות צבאיות מסוכנות. דמותו של מייקל שאנון מגלמת דמות נוקשה ומאיימת שמנסה לשמור על הסודות ולשלוט במצב, בעוד ריצ'רד ג'נקינס ואוקטביה ספנסר מגלמים את חברי הצוות שמצטרפים לסיפור ומגיבים בדרכים שונות למתרחש. ככל שהקשר בין אליסה ליצור מתהדק, היא מוצאת את עצמה נלחמת על חירותו ועל זכותו לחיים, תוך שהיא מסכנת את עצמה מול כוחות גדולים שמנסים להשתלט על המצב. הסרט מתאר את המאבק בין האנושי והבלתי אנושי, בין פחד לאהבה, ומציג את אליסה כאישה שמוצאת כוח ומשמעות דווקא במקומות החשוכים והסודיים ביותר. על רקע המתח הפוליטי והאווירה המתוחה של התקופה, היא יוצאת למסע של גילוי עצמי ושל מאבק על הצדק, כשהגורל של היצור ושל עצמה תלוי בהחלטותיה. הקשר המיוחד בין אליסה ליצור מתפתח לכדי אהבה עמוקה שמאתגרת את כל הגבולות החברתיים והמדעיים של התקופה. בעזרת חבריה במעבדה, היא מתכננת תוכנית בריחה שמטרתה להציל את היצור מהניסויים האכזריים. הסרט מדגיש את הניגוד בין החמלה האנושית לבין הקשיחות והאכזריות של המערכת הצבאית, ומעלה שאלות על טבע האדם, זכות לחיים, והיכולת למצוא יופי במקומות בלתי צפויים. בסופו של דבר, אליסה מוכיחה שהאהבה יכולה לנצח את הפחד, ומציגה דמות נשית חזקה שמצליחה לשבור את הכלים המסורתיים של התקופה.
