יעקב הולנד (קארל אורבן) הוא צייד מפלצות אגדי שמסתובב באוקיינוסים הרחבים, שם מפלצות ענקיות משוטטות ומאיימות על הספינות והאנשים. בעולם שבו ציידי המפלצות נחשבים לגיבורים ומקבלים תהילה רבה, יעקב הוא הדמות המרכזית שמובילה את המאבק באיומים הימיים. יום אחד, מייזי ברמבל, נערה נועזת ובלתי צפויה, מסתננת בסתר על ספינתו של יעקב, וכך הופכת לשותפה בלתי רצויה למסע מסוכן ובלתי נשכח. השניים יוצאים יחד למסע בין גלי הים, בו הם נאלצים להתמודד עם מפלצות אימתניות שמעולם לא נראו קודם לכן. במהלך המסע, יעקב ומייזי לומדים להכיר אחד את השנייה, מתמודדים עם סכנות רבות ומגלים שהקשר ביניהם יכול להיות המפתח לניצחון על האיום הגדול ביותר שניצב בפניהם. המסע חושף את עומק האומץ והנחישות של השניים, כשהם נלחמים לא רק על חייהם אלא גם על עתיד העולם הימי כולו. "המפלצת מהים" מצייר סיפור על חברות, התמודדות עם פחדים פנימיים וחיצוניים, ועל ההקרבה הנדרשת כדי לשמור על הסדר והשלום בים הפתוח. ככל שהסכנות גוברות, יעקב הולנד ומייזי ברמבל מבינים שהקרב מול המפלצות הוא לא רק פיזי אלא גם רוחני, ושהם חייבים למצוא דרך לשלב בין אומץ, חכמה ושותפות כדי לשרוד ולהגן על מה שיקר להם. הסרט מתמקד ברגעים הדרמטיים שבהם גבולות האמונה והגבורה נבחנים מחדש, כשהים והיצורים שבו הופכים לזירה של הרפתקה יוצאת דופן.
