מייקל קורלאונה (אל פצ'ינו) ממשיך לנהל את חייו בסבך מורכב של כוח, משפחה ואתיקה, כשהוא שואף לנקות את שמו ולהפוך את עסקיו ללגיטימיים. הסרט מתרחש בשנת 1979 בין ניו יורק לאיטליה, ומייקל מנסה לפצות על חטאי עברו ולמצוא דרך חדשה לשמור על השפעתו מבלי להיגרר לעולם הפשע האכזרי שהכריע אותו בעבר. הוא מקבל תחת חסותו צעיר שאותו הוא מנסה להכשיר כיורש ראוי, בתקווה שיביא שינוי אמיתי. בעוד מייקל מנסה לבסס שותפויות כלכליות עם הוותיקן ולהרחיב את תחומי פעילותו לעסקים לגיטימיים, הדורות הצעירים במשפחת קורלאונה מושכים אותו חזרה לסכסוכים פנימיים ולמאבקי כוח מסוכנים. מערכת היחסים בין המנטור הצעיר לבין בתו של מייקל יוצרת מתחים משפחתיים ודרמות נוספות, שמעמיקים את הקונפליקט בין הרצון לשינוי לבין הכוחות המושחתים שממשיכים למשוך אותו אל עבר העבר.
הניסיון של מייקל לשלב בין עולם העסקים הלגיטימי לבין עולם הפשע מוביל אותו למאבקים פנימיים וחיצוניים, כאשר הוא נאבק לשמור על שליטתו ולהגן על משפחתו מפני אויבים חדשים וותיקים. הסרט מציג את המורכבות של כוח, נאמנות ובגידה, ומעלה שאלות על האפשרות לגאולה בתוך עולם שבו הגבולות בין טוב לרע מטושטשים. מייקל קורלאונה עומד בפני בחירות גורליות שיקבעו את עתיד משפחתו ואת גורלו האישי, כשהוא נאבק לשמור על מה שהשיג מבלי לאבד את עצמו בדרך. במהלך הסרט, מייקל מתמודד עם השלכות ההחלטות שלו, כשהקונפליקטים בין המשפחה לעסקים מתעצמים. היחסים עם בתו, במיוחד לאחר פרשת האהבה עם המנטור הצעיר, מוסיפים עומק רגשי לסיפור. הסרט מסתיים באירועים דרמטיים שמדגישים את המחיר הכבד של כוח ושליטה, ומציג את מייקל כאיש שנאבק למצוא שלווה בעולם מלא בגירויים וסכנות. כך, "הסנדק 3" מסכם את סאגת משפחת קורלאונה עם נגיעות של טרגדיה, נאמנות ותקווה לעתיד שונה.
