חצי שנה אחרי שהווירוס הזעם החריב את האיים הבריטיים, חיילים אמריקאים מכריזים על ניצחון ומתחילים בתהליך שיקום האי. פליטים רבים חוזרים לבתיהם, והמשפחות מתאחדות מחדש בתקווה לשקם את חייהן לאחר האסון. בין החוזרים נמצאת משפחה שמגיעה עם סוד אפל: אחד מהפליטים נושא עמו את הווירוס שכולם חשבו שנכחד. בהדרגה מתברר שהווירוס לא רק שרד אלא גם הפך לאלים וקטלני יותר מבעבר. המצב מתדרדר במהירות כאשר הזעם מתפרץ מחדש, והחיילים יחד עם האזרחים נאלצים להתמודד עם סכנה חדשה שמאיימת להשמיד את כל מה שנשאר. בזמן שהעולם מנסה להרים את עצמו מחדש, ההתפרצות המחודשת מאיימת להפוך את האי לזירת אימה שבה כל צעד יכול להיות הצעד האחרון. בין הדמויות המרכזיות מתבלטים רוברט קרלייל ורוז ביירן, שמגלמים אנשים שנאבקים לא רק על הישרדותם אלא גם על שמירת האנושיות בתוך הכאוס. העלילה מציגה מאבק אכזרי בין תקווה לייאוש, כאשר כל החלטה יכולה להכריע את גורל האנושות. הפחד והאלימות משתלטים על כל פינה, והדמויות נאלצות להילחם לא רק בווירוס אלא גם באמון שנשבר ובפחד מהעתיד הלא נודע. 28 שבועות אחרי הוא סיפור על הישרדות, בגידה ותקווה תחת איום בלתי פוסק שמאיים להשמיד את כל מה שנבנה מחדש. הסרט ממשיך להדגיש את המתח המתמשך בין הצבא לבין האזרחים, כאשר המצב יוצא משליטה והווירוס מתפשט במהירות. הדמויות מתמודדות עם החלטות קשות, כאשר נאמנות, פחד ואובדן משפיעים על כל אחד מהם. במקביל, מתגלה כי ניסיונות השליטה והטיפול בווירוס אינם אפקטיביים, מה שמוביל לקריסה כוללת של הסדר החברתי. הסיפור משלב אלמנטים של דרמה, פעולה ואימה, ומציג תמונה קודרת של עולם שבו האנושות נאבקת לשמור על עצמה מול איום בלתי נראה אך קטלני. בסופו של דבר, הסרט מציע מבט על ההשלכות של טעויות אנושיות ועל הצורך בתקווה ואמונה גם בזמנים החשוכים ביותר.
