פיטר פארקר (טום הולנד) הוא נער צעיר שהופיע לראשונה בסרט "קפטן אמריקה: מלחמת האזרחים" ומאז מצא את עצמו פותח פרק חדש בחייו כגיבור-על. לאחר שהצטרף לנבחרת הנוקמים, הוא חוזר לביתו לגור עם דודתו, שם מנסה לשלב את חיי היומיום של תלמיד תיכון רגיל עם האחריות העצומה שמגיעה עם כוחותיו החדשים. פיטר, שמקבל ליווי והדרכה מאיש הברזל טוני סטארק (רוברט דאוני ג'וניור), מייחל להוכיח את עצמו כגיבור אמיתי שיכול לעמוד לצד הגדולים, אך עדיין נאבק למצוא את מקומו בין עולם הנערות לבין עולם ההרפתקאות המסוכן.
המציאות משתנה במהרה כאשר מופיע אויב חדש ומאיים, וולטור (מייקל קיטון), שמסכן לא רק את העיר אלא גם את כל מה שפיטר אוהב וחשוב לו. וולטור, עם טכנולוגיה מתקדמת ותחבולות מסוכנות, מהווה אתגר קשה במיוחד לפיטר הצעיר, שמגלה שעליו ללמוד להסתמך על עצמו ועל כוחותיו, ולא רק על ההדרכה של טוני סטארק. במקביל, פיטר מתמודד עם לחצים חברתיים, חברים חדשים, ורגשות מורכבים כלפי הסביבה שלו, כולל דודתו (מריסה טומיי) והחברים בבית הספר. הסיפור מתמקד בהתבגרותו של פיטר כגיבור ובמאבקיו הפנימיים והחיצוניים, כשהוא מנסה לשמור על איזון בין חייו כבן נוער רגיל לבין השליחות שלו להציל את העיר. "ספיידרמן: השיבה הביתה" מציג את פיטר פארקר כגיבור צעיר שמתחיל להבין מה באמת משמעות הכוח הגדול שניתן לו, ומנסה לממש את הפוטנציאל שלו למרות כל האתגרים שמונחים בפניו.
