קרייג שוורץ (ג'ון קיוזאק) הוא בובהן מובטל שמוצא עבודה מוזרה במשרד בקומה שביעית וחצי בבניין משרדים. במקצועו ובחייו האישיים הוא תקוע, אך כשהוא מגלה דלת סודית המובילה ישירות לתודעתו של השחקן ג'ון מלקוביץ' (ג'ון מלקוביץ'), חייו משתנים לחלוטין. באמצעות הדלת, כל מי שנכנס יכול לשלוט בגופו של מלקוביץ' למשך חמש עשרה דקות בלבד, חוויה מסתורית ומסחרית שהקרייג ומקסין (קתרין קינר), אישה מהמשרד, מנצלים ומתחילים לגבות תמורתה סכום של מאתיים דולר. לוטה (קמרון דיאז), עובדת בחנות חיות, משתמשת אף היא בדלת ומתאהבת במקסין, שמתחילה לצאת עם מלקוביץ' עצמו. הקרייג, שנאבק בקנאה הולכת וגוברת, מנסה לשלוט בגופו של מלקוביץ' כדי להשיג תהילה והצלחה אישית. במקביל, בעל המשרד מוצא בדלת בריחה מהמוות, בעוד מלקוביץ' עצמו אינו מודע כלל לפלישות לתודעתו. הקרייג מנסה שוב ושוב להיכנס לתוך תודעתו של מלקוביץ', אך הדלת מובילה בסופו של דבר למקום בלתי צפוי – לתודעתו של העובר של מקסין. הסיפור מתפתח בין מציאות לפנטזיה, ומציג מסע מורכב של זהות, שליטה וכמיהה לחופש בתוך עולם שבו הגבולות בין העצמי לאחר מטושטשים ומאתגרים את תפיסת המציאות. Being John Malkovich מציג דמויות סבוכות הנאבקות עם רצונותיהן ועם ההשלכות של היכולת לשלוט באחר, תוך כדי התמודדות עם שאלות על משמעות החיים והזהות האישית. הסרט ממשיך לחקור את ההשלכות הפסיכולוגיות והפילוסופיות של חדירת התודעה, כשהדמויות מתמודדות עם שאלות מוסריות על חופש הרצון והזהות. הקרייג מנסה להשתלט על חייו של מלקוביץ', אך מגלה שהשליטה היא זמנית ומוגבלת, וכי כל ניסיון להשתלט על גוף אחר מביא עמו סיבוכים בלתי צפויים. מקסין, לעומת זאת, משתמשת בדלת כדי לברוח מהמציאות שלה, אך גם היא נלכדת במערכת יחסים מורכבת עם מלקוביץ' ועם עצמה. לוטה, שמתאהבת במקסין, מוסיפה ממד נוסף של רגש וקונפליקט לסיפור. בסופו של דבר, הסרט מציג ביקורת חברתית על הרצון לשליטה וכוח, ומעלה שאלות עמוקות על מהות העצמי והקיום האנושי, כשהפנטזיה והמציאות מתערבבות ליצירת חוויה קולנועית ייחודית ומאתגרת.
