פיטר פארקר (טובי מגווייר) מצליח למצוא איזון בחייו בין תפקידו כסטודנט, בן זוג ואיש משפחה לבין חייו כספיידרמן. אך כאשר חליפה חדשה בצבע שחור נכנסת לחייו, כוחותיו של ספיידרמן מתחזקים באופן משמעותי, והעוצמה החדשה גורמת לו להפוך לגאוותן ולזנוח את האנשים הקרובים לו, כולל קירסטן דנסט. השינוי במצב רוחו ובאישיותו מוביל אותו להתנהגות אגרסיבית ולחוסר סבלנות, מה שמעמיד בסכנה את מערכות היחסים שלו. במקביל, שני אויבים חדשים מופיעים: סנדמן, שמחפש נקמה בעקבות אירועים מהעבר, וונום, דמות מסתורית ומסוכנת שמסכנת את העיר ואת פיטר עצמו. מאבקיו החיצוניים מול האויבים האכזריים הללו מקבילים למאבק הפנימי הקשה ביותר שפיטר מתמודד איתו – המאבק לשמור על לבו הטוב ועל יכולתו לרחם ולהכיל, למרות הכוח והכעס המתעוררים בו. לאורך הסרט, פיטר נאלץ להתמודד עם הצדדים האפלים שבתוכו ולגלות מחדש את החמלה והאנושיות שהפכו אותו לגיבור. רק כאשר יצליח לפצח את הקונפליקט הפנימי הזה, יוכל ספיידרמן לשוב ולהגן על העיר ועל האנשים שהוא אוהב, ולהוכיח שהכוח האמיתי טמון לא רק ביכולותיו הפיזיות, אלא גם בלב שלו. הסרט מציג את התהליך המורכב שבו פיטר פארקר לומד מחדש מהי אחריות אמיתית, כשהוא מתמודד עם אויבים חיצוניים ועם הצללים שבתוכו. בסופו של דבר, פיטר מצליח להתגבר על ההשפעה המזיקה של החליפה השחורה ולשחרר את עצמו מהכעס והנקמה. הוא מתפייס עם חבריו ובני משפחתו, ומבין כי הכוח האמיתי טמון בשליטה עצמית ובאהבה. הקרב הסופי מול וונום וסנדמן מדגים את אומץ ליבו ואת מחויבותו להגן על העיר. הסרט מסתיים בנימה של תקווה וצמיחה אישית, כאשר פיטר לוקח על עצמו מחדש את תפקידו כספיידרמן, לא רק כלוחם נגד פשע, אלא גם כסמל של תקווה, חמלה ואחריות. כך, "ספיידרמן 3" מציג מסר עמוק על ההתמודדות עם צדדים אפלים והיכולת למצוא איזון בין כוח לאחריות.
