ג'ו פיסטוניה (ג'וני דפ) הוא סוכן FBI שמקבל משימה מסוכנת במיוחד: לחדור לתוך מאפיית ניו יורק ולחשוף את פעילותה הפשיעה. תחת השם הבדוי דוני בראסקו, הוא מצליח להתקרב לחבר המאפיה הוותיק לפטי רוג'רו (אל פצ'ינו), שמקבל אותו כאחד משלו. השניים מפתחים קשר עמוק, ולפטי רואה בדוני לא רק שותף לעסקים אלא גם חבר אמיתי. במסגרת עבודתו, דוני עוקב אחרי פעולות גביית הכספים של המאפיה ומסייע לאסוף ראיות שיכולות להביא להרשעה של ראשי הארגון.
עם עלייתו של סוני בלאק לתפקיד ראש המאפיה, המתח בתוך הארגון גובר והחשדות לגבי נוכחות של סוכן סמוי מתגברים. דוני מוצא את עצמו במצב מורכב, כשהנאמנות שלו כלפי לפטי והמאפיה מתנגשת עם חובותיו כסוכן FBI. העבודה הסודית משפיעה קשות על חייו האישיים, וגורמת לקרע משמעותי בנישואיו. ככל שהחקירה מתקדמת, דוני מתמודד עם דילמה קשה: האם להמשיך ולשחק את תפקידו בתוך הארגון המסוכן או לפרוש לפני שייחשף ויהרס כל מה שבנה. הסרט מתאר את הקונפליקט הפנימי של דוני בראסקו, שמנסה לשמור על איזון בין חייו כסוכן סמוי לבין הקשרים האנושיים שנוצרו במהלך המשימה. הוא נאלץ להתמודד עם הפחדים, הבגידות והלחצים שמלווים את עבודתו בעולם התחתון של המאפיה, כשהעתיד שלו ושל האנשים הקרובים לו תלוי בהחלטותיו. הסרט מביא לידי ביטוי את המורכבות המוסרית והנפשית של חיי סוכן סמוי, שמוצא עצמו לכוד בין שני עולמות מנוגדים. דוני בראסקו מתמודד עם תחושת נאמנות כלפי לפטי, שהפך לחבר קרוב, אך גם עם המחויבות המקצועית שלו כלפי החוק והצדק. העלילה מדגישה את הקשיים והסכנות שבהם נחשפים סוכנים סמויים, ואת ההשלכות האישיות הכואבות שנגרמות להם ולבני משפחותיהם. בסופו של דבר, הסרט מציג תמונה עגומה אך אותנטית של החיים בעולם הפשע המאורגן, ומעלה שאלות על זהות, אמון והבחירות שאנו עושים במצבים קיצוניים.
