בשנת 1923, במדבר המצרי, ריק אוקונל (ברנדן פרייזר) הוא הרפתקן אמריקאי לשעבר ששירת בלגיון הזרים הצרפתי. במהלך מסעו הוא מגלה את חורבות העיר העתיקה חמאונפטרה, מקום מלא באוצרות עתיקים וסודות אפלים. באותו זמן, איוולין (רייצ'ל וייס), ספרנית מומחית לאגיפטולוגיה, מגיעה למצרים יחד עם אחיה ג'ונתן (ג'ון האנה) במטרה לחקור ולגלות פריטים נדירים מהעבר. השלושה מצטרפים יחד למסע מסוכן אל תוך העיר העתיקה, בתקווה למצוא את האוצר האבוד ולחשוף את סודותיה.
אך במקום אוצרות בלבד, הם משחררים קללה עתיקה ומאיימת: הכהן הגדול אימהוטפ (ארנולד ווסלו) מתעורר לתחייה לאחר אלפי שנים של קבורה. אימהוטפ, שנחשב לאחד הכהנים החזקים והאכזריים ביותר במצרים העתיקה, מתחיל לגרום להרס ולהפיץ אימה בקרב כל מי שמתקרב אליו. ריק, איוולין וג'ונתן מוצאים את עצמם במאבק נואש לשרוד ולהפסיק את אימהוטפ לפני שהקללה תשתלט על העולם כולו. ההרפתקה הופכת למאבק בין חיים למוות, כאשר כל צעד בעיר העתיקה חושף סודות אפלים וקסמים עתיקים. ריק אוקונל, עם ניסיון הלחימה שלו, ואיוולין, עם הידע האקדמי והנחישות שלה, חייבים לשתף פעולה כדי לעצור את אימהוטפ ולהחזיר את הסדר למדבר המצרי. המומיה היא סיפור על אומץ, ידע וכוח מול כוחות אפלים שלא נראו כמותם מזה אלפי שנים. במהלך המאבק, הצוות מגלה כי אימהוטפ מחפש להחזיר לעצמו את אהובתו, אנק סנאמו, באמצעות טקסי קבורה עתיקים וכוחות מיסטיים. ריק ואיוולין נאלצים להתמודד עם סכנות רבות, כולל יצורים מיתולוגיים ולכודות מסוכנות בתוך חמאונפטרה. בנוסף, הם מגלים כי ישנם אנשים נוספים, ביניהם חבורת שודדים, שמנסים לנצל את הכוחות העתיקים למטרותיהם האישיות. בסופו של דבר, בעזרת תושייה ואומץ, הם מצליחים להביס את אימהוטפ ולמנוע את השמדת העולם, תוך שהם שומרים על האוצרות והסודות של מצרים העתיקה. הסרט משלב אלמנטים של פעולה, הרפתקאות ומיתולוגיה, ומציג דמויות מרתקות בסביבה היסטורית עשירה.
