באטמן חוזר מתמקד באוסוולד קובלפוט (דני דה ויטו), שננטש בילדותו ונושא טינה עמוקה כלפי גות'האם. כשהוא חוזר לעיר, הוא מתכנן לנקום בכל מי שפגע בו ובאחרים שהזניחו אותו. במקביל, מאקס שרק (כריסטופר ווקן) - תעשיין מושחת ואכזרי - מנסה להרחיב את השפעתו בעיר באמצעות תכניות חשאיות ומסוכנות. באטמן (מייקל קיטון) מוצא את עצמו בעימות כפול מול שני האויבים האכזריים האלה, כשהוא מנסה למנוע מהם להרוס את העיר. במהלך העלילה, הקשר בין הדמויות מתפתח ומסתבך, בעיקר עם הופעתה של קאטוומן (מישל פייפר), המזכירה של שרק, שעוברת שינוי דרמטי אחרי ניסיון התנקשות בחייה. היא הופכת לדמות מסתורית ומורכבת, שמצליחה לבלבל את הגבולות בין צדק לנקמה. הסרט בוחן לעומק את הדינמיקות המורכבות בין הורים לילדים, כמו גם את היחסים המורכבים בין המינים, כשהדמויות מתמודדות עם הפחדים והכעסים הפנימיים שלהן. הסיפור כולו מתנהל באווירה אפלה ובלתי פוסקת, כאילו מדובר בסיוט מתמשך, שמעצים את המתח והדרמה. באטמן, שמתמודד עם האתגרים הפיזיים והנפשיים, חייב למצוא דרך לעצור את אוסוולד ומקס לפני שיגרמו לחורבן מוחלט של גות'האם. הסכנה גדלה, והמאבק על גורל העיר הופך לקרב של חיים ומוות, שבו כל החלטה יכולה לשנות את הכל. באטמן חוזר ממשיך להעמיק בניגודים בין הדמויות, כשהאנטגוניסטים מגלמים צדדים שונים של כאב ושנאה. אוסוולד קובלפוט, הידוע גם כפינגווין, משתמש במניפולציות פוליטיות ואלימות כדי להשיג שליטה, בעוד מאקס שרק מגלם את השחיתות התאגידית והכוח האכזרי. קאטוומן, שנוצרה מתוך טראומה אישית, מייצגת את המאבק הפנימי בין נקמה לבין חיפוש אחר זהות ומשמעות. באטמן עצמו מתמודד לא רק עם האויבים החיצוניים, אלא גם עם הקונפליקטים הפנימיים שלו, כשהוא מנסה לשמור על המוסריות בתוך עולם אפל ומסוכן. הסרט מציג סצנות פעולה מרשימות לצד רגעים אינטימיים של דיאלוג, ומעצב אווירה גותית ייחודית שמאפיינת את עבודתו של טים ברטון. בסופו של דבר, המאבק על גורל גות'האם אינו רק פיזי, אלא גם פסיכולוגי, כשהדמויות נאבקות עם זהויותיהן ועם ההשפעות של העבר על ההווה.
