בעיירה שקטה ורגועה, לילה אחד מתרחש אירוע מסתורי שמשנה את חיי התושבים לעד: כל הילדים, למעט אחד, נעלמים בבת אחת, בדיוק באותו זמן. המספרת (סכרלט שר) מתארת כיצד ההיעלמות הפתאומית יוצרת שבר עמוק בקהילה, שמוצאת את עצמה מתמודדת עם כאב, חשש ותהיות לגבי גורל ילדיה. ג'סטין (ג'וליה גארנר) ואלכס (קרי כריסטופר), בין התושבים, מוצאים את עצמם במרכז ההתמודדות עם התעלומה, כשהם מנסים להבין מי עומד מאחורי המקרה המוזר והאם ניתן להציל את הילדים הנעדרים.
הקהילה כולה מתעוררת לחשדות, כשכל אחד מנסה למצוא תשובות ולגלות את האמת שמאחורי ההיעלמות. יועץ (ג'ייסון תורנר) ומר גראף (ג'וש ברולין), דמויות בעלות השפעה, מנסים לנהל את המשבר ולהרגיע את הציבור, אך גם הם נאלצים להתמודד עם חוסר הוודאות והפחד שמאיים לפרוץ את גבולות העיירה. אנדרו (בנדיקט וונג) ופול (אלדן אהרנריץ') מצטרפים למאבק, כשהם מגלים כי האירועים אינם מקריים וכי ישנם כוחות נסתרים שפועלים מאחורי הקלעים. המספרת (סכרלט שר) מובילה את הצופים דרך סיפור של כאב ואובדן, אך גם של תקווה והתמודדות, כשהקהילה מנסה לאחות את השברים ולגלות מי אחראי ל"שעת הנעלמים". המתח גובר ככל שהסודות מתגלים, והמאבק לחשוף את האמת הופך למאבק על הישרדותם של הילדים ועל עתיד העיירה כולה. ככל שהעלילה מתפתחת, המספרת חושפת שכוחות אפלים ומסתוריים עומדים מאחורי ההיעלמות, ומעורבים גם דמויות מפתיעות מהקהילה. ג'סטין ואלכס מתמודדים עם בחירות קשות שמשפיעות על גורל הילדים, בעוד יועץ ומר גראף מגלים צדדים אפלים בעצמם. אנדרו ופול חוקרים מידע סודי שמוביל אותם אל גילויים מזעזעים. לצד המתח והדרמה, הסרט מתמקד גם בקשרים האנושיים, באובדן ובתקווה, ומציג כיצד הקהילה מתאחדת בניסיון להציל את ילדיה ולגלות את האמת שמאחורי "שעת הנעלמים".
