הארי פוטר (דניאל רדקליף) חוזר להוגוורטס לשנתו החמישית, אך העולם הקסום סביבו מלא בספקות ובחששות. רוב הקוסמים מסרבים להאמין שחזרתו של וולדמורט היא אמת, ודמבלדור מואשם בשקרים שמטרתם להפחיד את הציבור. במקביל, קורנליוס פאדג', שר הקסמים, ממנה מורה חדש, אומברידג', שמלמדת רק הגנה תיאורטית ולא מאפשרת לתלמידים להתכונן למאבק אמיתי בכוחות האופל. הארי חש שהמציאות מסוכנת יותר מאי פעם, והכישורים שרכש אינם מספיקים כדי להתמודד עם האיום המתקרב. בשל כך, הארי מחליט להקים את "צבא דמבלדור" – קבוצת תלמידים שמטרתה ללמוד ולהתאמן בהגנה מעשית נגד כוחות האופל. הוא מלמד אותם קסמים הגנתיים ומכין אותם לקרבות שעתידים להגיע. התלמידים, ביניהם הרמיוני גריינג'ר (אמה ווטסון) ורון ויזלי (רופרט גרינט), מתמודדים עם הקשיים שמציבה אומברידג', אך מוצאים תמיכה וכוח בקבוצה החדשה.
המאבק הפנימי בבית הספר ובחוץ מחלחל לכל פינה, כשהארי מתמודד לא רק עם האיומים החיצוניים אלא גם עם חוסר האמון של הסובבים אותו. הוא נאבק לשכנע את חבריו ואת הקהילה הקוסמית שהסכנה אמיתית וכי עליהם להתכונן לקרב הגדול שמגיע. ההכנות ליום שבו יצטרכו לעמוד מול וולדמורט וכוחותיו מתגברות, והארי עומד במרכז המאבק, מנסה להוביל ולהגן על אלו שהוא אוהב. במרכז העלילה ניצבים האתגרים של אמונה, נאמנות ואומץ מול כוחות האופל המתעצמים. במהלך השנה, אומברידג' מפעילה שליטה קשוחה ומגבילה את חופש התלמידים, מה שמגביר את המתח בבית הספר. עם זאת, צבא דמבלדור מתרחב, והחברים בו מתאמנים בסתר כדי להיות מוכנים למאבק. הארי מתמודד גם עם חזיונות מטרידים שמקשרים אותו לוולדמורט, ומגלה מידע חשוב על העבר והכוחות של האויב. בסופו של דבר, המתח מגיע לשיאו בקרב דרמטי במשרד המסתורין, שבו הארי וחבריו נלחמים לצד חברי מסדר עוף החול נגד משרתיו של וולדמורט, ומתחיל גל חדש של מאבקים בין הטוב לרע בעולם הקסום.
