מלחמה בלתי נראית משתוללת בעולם ומביאה את האנושות לשפל חסר תקדים, כשהיא גורמת לאנשים להתאבד בעקבות מפגש עם ישות מסתורית שאינה נראית לעין. חמש שנים אחרי שהחיים כפי שהכרנו אותם נהרסו, מאלורי (סנדרה בולוק) מוצאת את עצמה נאבקת לשרוד בסביבה עוינת ומסוכנת, כשהיא מלווה בשני ילדיה. היא נאלצת לנוע בעיניים מכוסות כדי לא להיחשף לישויות המאיימות, ולתמרן בין סכנות בלתי פוסקות שמאיימות על חייהם בכל רגע. המסע של מאלורי ושל ילדיה הוא מסע הישרדות מורכב ומלא מתח, בו הם מתמודדים לא רק עם האיום הבלתי נראה אלא גם עם חוסר האמון והפחד שמלווים כל צעד. במקביל הם מנסים למצוא מקום מבטחים שבו יוכלו להקים מחדש חיים שקטים ובטוחים. לאורך הדרך הם פוגשים דמויות שונות, חלקן מסייעות וחלקן מסוכנות, והקשרים האנושיים נבחנים תחת לחץ מתמיד. מאלורי, בתפקיד שהופקדה בידיה האחריות להגן על ילדיה, מגלמת את המאבק האנושי לשרוד ולשמור על האנושיות בתוך עולם שהפך לאפל ומאיים.
הסיפור מתאר את המאבק של אדם אחד מול כוחות בלתי נראים שמאיימים להחריב את כל מה שהוא אוהב, ומדגיש את החשיבות של אומץ, תקווה וקשר משפחתי במציאות שבה כל מגע עם העולם החיצון עלול להיות קטלני. קופסת הציפורים היא דרמה פסיכולוגית עוצמתית על הישרדות, פחד ואהבה בתנאים קיצוניים, ומראה כיצד אדם יכול למצוא את האור גם בתוך החושך הגדול ביותר. סנדרה בולוק מובילה את הדרמה הזו בתפקיד מרכזי שמדגיש את המאבק האנושי מול האימה הבלתי נראית.
