קאלום לינץ' (מייקל פסבנדר) מוצא את עצמו נזרק לעולם מסתורי שבו הוא חווה זיכרונות גנטיים של אביו הקדמון, אגילאר, לוחם מיומן במאה ה-15 בספרד. במהלך החוויה הוא מגלה שהוא צאצא של חברה סודית בשם המתנקשים, שהייתה במאבק מתמשך כנגד ארגון הטמפלרים החזק והמסוכן. בעזרת הידע והכישורים שהוא רוכש בזיכרונותיו, קאלום לומד לשלוט בטכניקות לחימה מתקדמות ובאסטרטגיות מתוחכמות, שמאפשרות לו להתמודד עם אויבים רבי עוצמה במציאות הנוכחית. ככל שקאלום מתעמק במורשתו, הוא מבין שהמאבק בין המתנקשים לטמפלרים הוא לא רק היסטוריה אלא ממשיך להתקיים גם בזמננו, והגורל שלו קשור קשר הדוק להצלחת המאבק הזה. הוא נדרש לקבל החלטות קשות ולמצוא את דרכו בעולם שבו ההיסטוריה וההווה מתערבבים, כשהוא מנסה למנוע מהטמפלרים להשיג שליטה מוחלטת באמצעות טכנולוגיות מתקדמות וידע עתיק. הסרט מציג מסע אישי ורגשי שבו קאלום מתמודד עם זהותו, עם העבר המשפחתי שלו ועם אחריות כבדה שנפלה עליו כנושא מורשת המתנקשים. הוא חייב לנווט בין סכנות פיזיות ומנטליות, ולהשתמש בכל מה שלמד כדי לשרוד ולהגן על העתיד. במרכז הסיפור עומדת המתח שבין חופש לשליטה, בין אמונה למאבק, כשהוא מתמודד עם אויבים שמאיימים לא רק על חייו אלא על ערכי החירות והצדק שהמתנקשים מייצגים. במהלך הסרט, קאלום מוצא עצמו מתמודד עם שאלות מוסריות עמוקות לגבי תפקידו והמשמעות של המאבק בין המתנקשים לטמפלרים. הוא לומד להכיר את דמויות מפתח מהעבר ומההווה, ביניהן סופיה ריקו (מריון קוטיאר), שמסייעת לו להבין את המורכבות של המאבק ואת ההשלכות שלו על העולם. באמצעות טכנולוגיית אנימוס, קאלום חווה את חוויות אגילאר באופן אינטנסיבי, ומגלה את כוחותיו ואת יכולותיו המיוחדות. הסרט משלב אלמנטים של פעולה, הרפתקאות ופנטזיה היסטורית, ומדגיש את חשיבות החופש האישי והמאבק נגד דיכוי ושליטה. בסופו של דבר, קאלום חייב לבחור בין המשך המאבק לבין יצירת עתיד חדש, כשהוא מקבל החלטות שמשפיעות על גורל האנושות כולה. הסרט מתמקד גם בקונפליקט הפנימי של הדמות הראשית ובמסע ההתבגרות שלה, תוך שילוב של סצנות אקשן מרהיבות ונופים עוצרי נשימה.
