מינכן מתאר את סיפורו של יוסף (אריק באנה), סוכן מוסד שנשלח לאירופה בעקבות טבח הספורטאים הישראלים באולימפיאדת מינכן ב-1972, שבו נרצחו אחד עשר ספורטאים ישראלים. בעקבות הטראומה הלאומית, מוסד הישראלי מקים צוות חשאי שמטרתו לאתר ולהשמיד את האחראים לפיגוע. יוסף וחבריו לצוות יוצאים למסע מסוכן ומורכב ברחבי אירופה, כשהם נתקלים באויבים בלתי נראים ובסכנות מתמשכות. הסרט, בבימויו של סטיבן ספילברג ובכתיבה משותפת עם טוני קושנר, מעלה שאלות מוסריות כבדות משקל בנוגע לנקמה, לצד ההשלכות האנושיות של המאבק בטרור.
במהלך המשימה, יוסף מתמודד לא רק עם האויבים אלא גם עם הפחדים והספקות הפנימיים שלו, כשהוא מבין שהקו בין צדק לנקמה מטושטש ומסוכן. הסרט מציג את המורכבות של פעולות המוסד, שמחייבות לפעמים לפגוע גם בחפים מפשע, כולל ילדים של מחבלים, מה שמעמיד את הצוות במאבק פנימי קשה. מינכן מתבסס על ספר שנוי במחלוקת, שהמוסד טוען כי הוא בדוי, אך הסרט בוחן את ההשלכות האנושיות והפוליטיות של האירועים בצורה עמוקה ואנושית. הסיפור לא מתמקד רק בפעולות המודיעין והנקמה, אלא גם במשבר האישי של יוסף והצוות שלו, שנאלצים להתמודד עם המחיר הכבד של המלחמה בטרור. תוך כדי מסע הנקמה, הם מאבדים את האמון בעצמם ובמטרותיהם, כשהשאלות על הצדק, האובדן והאנושיות מתערבבות. מינכן מציג סיפור מורכב על נקמה, מוסר ומאבק פנימי, כשהגורל של יוסף והצוות תלוי בהחלטותיהם הקשות והמסוכנות.
