סלין (קייט בקינסייל), לוחמת הערפדים האכזרית, ממשיכה במאבקה נגד הזאבים במלחמת האופל 2, שמתחילה בדיוק במקום שבו הסתיים הסרט הראשון. כשהמלחמה בין הערפדים לזאבים מגיעה לשיא, סלין מוצאת את עצמה נרדפת לא רק על ידי אויביה הוותיקים אלא גם על ידי כוחות חדשים ומסוכנים. מייקל קורווין (סקוט ספידמן), אהובה של סלין, הופך בהדרגה ליצור היברידי חזק במיוחד, חיבור נדיר בין ערפד לזאב, שמסוגל לשנות את מאזן הכוחות בין שני הצדדים. יחד הם נמלטים משני המחנות, כשהם מנסים לשרוד בעולם שבו כל צד רוצה להשמיד אותם.
במקביל, מרקוס (מייקל שין), הערפד העתיק והמסוכן ביותר, מתעורר מתרדמתו ומחליט להוציא לפועל תוכנית קטלנית שמסכנת את קיומם של כל הערפדים והזאבים. מרקוס רואה במייקל ובסלין איום ישיר על שלטונו ומתחיל במרדף חסר רחמים אחריהם. סלין ומייקל נאלצים להתמודד עם האמת המרה על מוצאם ועל הכוחות האפלים שמונעים מהם להינצל. הם נלחמים לא רק על חייהם אלא גם על עתיד שני העמים, כשבין כל הקרבות והבריחות מתפתחת מערכת יחסים עמוקה ומורכבת ביניהם. הסרט מעמיק בתעלומות ההיסטוריות של הערפדים והזאבים, חושף סודות עתיקים ומציג קרבות עזים בין יצורים על-טבעיים. סלין ומייקל ניצבים בפני בחירה גורלית: להילחם יחד נגד האויב המשותף או להיעלם לנצח בתוך הצללים של מלחמת האופל שמאיימת להרוס את עולמם. בסופו של דבר, סלין ומייקל מצליחים לנצח את מרקוס בקרב מכריע, אך המחיר גבוה. הם מבינים שהמאבק בין הערפדים לזאבים לא ייגמר בקרוב, ושהם חייבים לשמור על ברית חדשה כדי להגן על עתידם. הסרט מסתיים כשהם יוצאים לדרך חדשה, כשברקע מתגלה שהסכנות האמיתיות עוד לפניהם, והמאבק על השליטה בעולם האופל רק מתחיל.
