לאחר שנים רבות מאז תקופת שלטונו של קיסר, עולם הקופים השתנה ללא הכר. שבטים חדשים של קופים צמחו במדבריות הקשים, בעוד שהאנושות נסוגה למצב פרה-היסטורי כמעט מוחלט. פרוקסימוס קיסר (קווין דורנד), שמכפיף את עצמו ללימודיו של קיסר אך מעוות אותם, הפך לשליט אכזרי ששולט בשבטים אחרים של קופים בעזרת עבדות ומאבק כוח. הוא מחפש טכנולוגיה אנושית עתיקה כדי להרחיב את שליטתו ולבסס את כוחו. במרכז העלילה עומד נואה קורנליוס (אוון תאג), שימפנזה צעיר ונועז שמסרב לקבל את הכפייה והעבדות שהטיל פרוקסימוס. נואה מחפש דרכים לשחרר את עמו מהדיכוי ולהחזיר להם את החירות והכבוד שאבדו. במהלך מסעו הוא פוגש את נובה / מיי (פריה אלאן), נערה אנושית שמצטרפת אליו במסע. השניים יוצאים יחד למסע מסוכן, בו הם נאלצים להתמודד עם איומים פנימיים וחיצוניים, בין אם מצד פרוקסימוס והשבטים הנאמנים לו ובין אם מצד הסכנות שמציבה להם המדבר האכזרי. הסיפור מתמקד במאבק על חופש, נאמנות, והשאיפה לשינוי, כאשר נואה ונובה מנסים לבנות עתיד חדש שבו הקופים והאנשים יוכלו לחיות בכבוד ובשלום. המתח בין המסורת שהותירה אחריה תקופת קיסר לבין השלטון החדש של פרוקסימוס יוצר קרקע פורה לסכסוכים פנימיים ולבחירות גורליות שמכריעות את גורל העולם כולו. במהלך המסע, נובה ומיי מתמודדות עם אתגרים רבים, כולל מפגשים עם שבטים אחרים של קופים ועם שורדי אנוש שמנסים לשמור על הישרדותם. הקשר ביניהן מתפתח, ומיי לומדת להכיר את עולמם של הקופים ואת המאבק שלהם לחופש. לצד זאת, נואה מנסה לאחד את השבטים השונים נגד שלטונו הדכאני של פרוקסימוס, תוך שהוא מתמודד עם ספקות פנימיים וקונפליקטים מוסריים. העלילה מדגישה את חשיבות האחדות, האומץ והתקווה בעולם שבו הגבולות בין אדם לקוף מטושטשים, ומציגה חזון חדש לעתיד שבו שני העולמות יכולים לשתף פעולה ולהבין זה את זה.
