קפטן וילארד (מרטין שין) יוצא למשימה מסוכנת בקמבודיה, במהלכה עליו לאתר ולהשמיד קולונל אמריקאי מתריס, שמסכן את חיי חיילים רבים ומאבד את שפיותו. המסע שלו מתפתח לתוך עומק האימה והכאוס של מלחמת וייטנאם, שבה הגבולות בין טוב לרע מטושטשים וההיגיון מתמוסס. וילארד מתמודד עם מציאות אלימה ומוזרה, שבה האידיאולוגיה והכוח מתערבבים עם טירוף ואובדן מוסר. במהלך ההפלגה בנהר, הוא פוגש דמויות שונות שמייצגות היבטים שונים של המלחמה ושל נפש האדם תחת לחץ קיצוני, ביניהן קולונל קרטיס (מרלון ברנדו), דמות מסתורית ואלימה שמנהיגה קהילה מבודדת ומסוכנת. המסע של וילארד אינו רק פיזי אלא גם נפשי, כשהוא נאלץ להתמודד עם שאלות מוסריות קשות ולבחון את גבולות האנושיות שלו בתוך הסביבה האכזרית והבלתי צפויה של המלחמה. הסרט חושף את הטירוף והכאב שהמלחמה גורמת לא רק לחיילים אלא גם למי שמפקח עליהם, ומציג ביקורת נוקבת על המלחמה הוויאטנאמית, שנחשבה לאחת המלחמות השנויות במחלוקת בתולדות ארצות הברית. המסע של וילארד מתקרב לפגישה בלתי נמנעת עם קולונל קרטיס, שמגלם את כל מה שהמלחמה יכולה לשבש באדם, והקרב ביניהם הופך לסמל של המאבק בין סדר לכאוס, בין שפיות לטירוף. הסרט מתאר את מלחמת וייטנאם לא רק כעימות צבאי אלא כטרגדיה אנושית עמוקה, שבה כל צד מפסיד והגבולות מוסרים מתמוססים בתוך הזוועה. וילארד מתמודד עם דילמות מוסריות קשות, כשהוא נחשף לאכזריות ולכאב שמלווים את המלחמה. המסע שלו חושף את ההרס הפנימי שנגרם לאנשים המעורבים, ומדגיש את ההשלכות הפסיכולוגיות של הלחימה. הסרט משתמש באלמנטים ויזואליים וסאונדיים יוצאי דופן כדי להעביר את תחושת הכאוס והטירוף, ומציג ביקורת חברתית נוקבת על החלטות הממשל והטבע האלים של המלחמה. בסופו של דבר, אפוקליפסה עכשיו הוא יצירה קולנועית שמאתגרת את הצופה לחשוב על המשמעות האמיתית של מלחמה ועל המחיר האנושי הכבד שהיא גובה.
