משפחת פרים עוברת להתגורר בעיר ניו יורק, ומיד מתמודדים עם האתגרים של הסתגלות לסביבה חדשה. ג'וש (ווינסלוו פגלי), הילד במשפחה, מתקשה להסתדר בבית הספר החדש ולמצוא את מקומו בין הילדים. כשהוא מחפש מפלט מהלחצים, הוא מגלה במרתף ביתם יצור מפתיע – קרוקודיל בשם לייל, אך לא סתם קרוקודיל, אלא קרוקודיל ששר (Lyle, Lyle, Crocodile) ואוהב מוזיקה, אמבטיות וקוויאר. בין ג'וש ללייל מתפתחת חברות עמוקה ומיוחדת, שמסייעת לשניהם להתמודד עם הקשיים האישיים שלהם.
עם הזמן מתברר שלייל אינו לבד – יש לו בעל כריזמטי בשם הקטור ולנטי (שון מנדס), שמנסה לשמור עליו ולהגן עליו מפני סכנות חיצוניות. אחד האיומים המרכזיים מגיע מצד מר גראמפס (חאווייר ברדם), שמנסה לסלק את לייל מהאזור, מה שמעמיד בסכנה את קיומו של הקרוקודיל המוזיקלי. משפחת פרים, יחד עם הקטור, מתאחדת במאבק לשמור על לייל ולהגן עליו מפני גורמים שמנסים להפריד ביניהם. הסיפור מתמקד לא רק בהרפתקאותיהם של ג'וש ולייל, אלא גם בקשרי המשפחה הבלתי צפויים שמתפתחים בעקבות המפגש עם הקרוקודיל. תוך כדי, הם לומדים על חשיבות ההבנה, התמיכה והאהבה בין בני משפחה וחברים, גם במצבים יוצאי דופן. הסרט מציג בצורה חמה ומשעשעת כיצד יצור מפתיע יכול לשנות חיים, לקרב בין אנשים ולהעניק משמעות חדשה למשפחה כולה. בסופו של דבר, לייל הופך לסמל של קבלה ושייכות עבור כל הדמויות. הסרט מדגיש את החשיבות שבקבלת השונה, את הכוח של חברות אמיצה ואת הערך של אומץ להתמודד עם פחדים ואתגרים. באמצעות השילוב של מוזיקה, הומור ורגש, "קרוקודיל לייל" מצליח להעביר מסר חיובי על אהבה, משפחה ותקווה, ומזמין את הצופים לחגוג את הייחודיות שבכל אחד מאיתנו.
