דיוויד דאנן (ברוס ויליס) ממשיך לחפש את קווין ונדל קראמב (ג'יימס מקאבוי), האיש בעל האישיות המרובות והכוחות העל-אנושיים, שנחשף בסרט הקודם "ספליט". דאנן, שנחשב לעל-אדם עם יכולות פיזיות יוצאות דופן, מנסה לעצור את קראמב לפני שיגרום לנזק בלתי הפיך. במקביל, אליה פרייס, הידוע בכינוי מיסטר גלאס (סמואל ל. ג'קסון), משחק במעין משחק כפול מאחורי הקלעים, כשהוא מנווט ומנצל את האירועים לטובתו, מתוך כוונה לחשוף את קיומם של אנשים עם כוחות מיוחדים בעולם שאינו מוכן לקבל אותם.
הסרט "מיסטר גלאס" מחבר בין העלילה של "אינברייקבל" ו"ספליט", ומציג את המפגש המורכב והמתוח בין שלושת הדמויות המרכזיות. דמותה של קייסי קוק (אניה טיילור-ג'וי), שורדת יחידה מהאירועים הקודמים, ממשיכה לשאת את מטען ההישרדות והכאב, ומעורבת באופן בלתי נמנע במאבק בין דאנן לקראמב. היחסים בין הדמויות מתפתחים ומגיעים לשיאים דרמטיים, כאשר כל צד מנסה להוכיח את אמיתותו ואת טבעו הייחודי. המפגשים בין דאנן וקראמב מתגברים ומתלהטים, והמתח בין הצדדים מתפוצץ לסדרה של התפתחויות מפתיעות, כאשר מיסטר גלאס מנסה לשלוט במהלכים ולחשוף את האמת שמאחורי הכוחות העל-אנושיים. הסרט מציג מסע מורכב של גילוי עצמי, מאבק בין טוב לרע, וההתמודדות עם שאלות של זהות וכוח בעולם שאינו מוכן לקבל את השונה. הסרט מסתיים בהתמודדות מכרעת בבית החולים הפסיכיאטרי שבו כל הדמויות מוחזקות. במהלך הקרב הסופי, מתגלה כי אליה פרייס תכנן את כל האירועים כדי לחשוף את קיומם של אנשים עם כוחות על-אנושיים לציבור הרחב. למרות מאמציו של דאנן לעצור את קראמב, שניהם נפגעים אנושות. קייסי, ששרדה את התקפותיו של קראמב, משמשת כעדה לאמת המדהימה שנחשפה. בסיום, המסר המרכזי של הסרט מדגיש את המאבק בין טוב לרע, את הקושי לקבל את השונה, ואת הכוח הטמון באמונה בעצמנו ובאחרים. הסרט משאיר מקום למחשבה על טבע האדם ועל הגבולות בין מציאות לדמיון.
