כריסטיאן וולף (בן אפלק) הוא גאון מתמטי המנהל חיים כפולים: בעבודה היומיומית הוא רואה חשבון עצמאי, אך לקוחותיו הם ארגוני פשע מסוכנים. הוא מתמחה בחשבונאות מורכבת ומסוגלת לחשוף הונאות פיננסיות גדולות, אך חייו אינם פשוטים בשל האיומים המתמידים שמקיפים אותו. מחלקת האוצר מתחילה לחקור אותו בעקבות פעילותו החשודה, מה שמעמיד אותו תחת לחץ עצום. במקביל, כריסטיאן מקבל לקוח חדש, חברת רובוטיקה שמגלה כי קיימות אי-סדרים כספיים משמעותיים בספרי החשבונות שלה, בסכומים של מיליוני דולרים. כריסטיאן מתחיל לחקור לעומק את הנתונים ומגלה כי יש כאן משהו מעבר להונאה רגילה, דבר שמסכן לא רק את החברה אלא גם את חייה של דנה, אחת מהעובדות בחברה. תוך כדי חקירתו, כריסטיאן נאלץ להתמודד עם סכנות שמגיעות מכל עבר, כאשר הוא מנסה לחשוף את האמת ולהגן על דנה מפני האיומים שמרחפים מעליה. הסרט מתמקד בשילוב בין כישרונו המתמטי יוצא הדופן של כריסטיאן לבין יכולותיו הפיזיות והטקטיות, שמאפשרות לו לשרוד בעולם מסוכן שבו גבולות החוק מטושטשים. בעזרת שיתוף פעולה עם דנה, הוא מנסה להביא צדק ולהוציא לאור את האמת, בעודו נאבק בכוחות שמנסים להשתיק אותו. העלילה מתפתחת במתח מתמיד בין חשבונאות מתוחכמת לבין פעולה אקשן, כאשר כל צעד של כריסטיאן יכול להיות קריטי להצלחתו או לכישלונו. במהלך החקירה, כריסטיאן נחשף לעברו המורכב ולמערכת היחסים המורכבת עם משפחתו, במיוחד עם אביו, שהשפיע רבות על התפתחותו האישית והמקצועית. הסרט מדגיש את הקונפליקט הפנימי שלו בין הרצון לחיות חיים שקטים לבין הצורך להשתמש בכישוריו הייחודיים כדי להגן על עצמם ועל הסובבים אותו. בנוסף, דמותה של דנה מוסיפה עומק רגשי לסיפור, כשהיא מתמודדת עם האיומים והסכנות שמגיעות בעקבות המעורבות שלה בחקירה. הסרט מציג שילוב מיוחד בין מתח פסיכולוגי, דרמה משפחתית ואקשן, ומדגים כיצד אדם יוצא דופן יכול למצוא את דרכו בעולם מורכב ומסוכן. בסופו של דבר, "רואה החשבון" מציע מבט מרתק על מורכבות הזהות, נאמנות ומאבק לצדק בעולם אפל ומסוכן.
