וודרו אלגרן (טום קרוז), קפטן אמריקאי ותיק מלחמת האזרחים, מגיע ליפן בסוף המאה ה-19, תקופה שבה האימפריה היפנית מתמודדת עם מהפכה תרבותית וטכנולוגית שמאיימת למחוק את דרכי הסמוראים העתיקות. הקיסר מיישי שואף לבסס את השלטון המודרני שלו באמצעות חיסול מעמד הסמוראים, שהיו סמל לעולם פיאודלי שהולך ונעלם. אלגרן, שכבר איבד את דרכו בעולם המערבי, מוצא את עצמו בשדה הקרב מול לוחמי הסמוראים, שם הוא נפצע קשה ונלקח בשבי על ידי אותם לוחמים מסורתיים.
במהלך שהותו במחנה הסמוראים, אלגרן נחשף לעולם ערכי של כבוד, מוסר ואומץ, שמנוגדים לחלוטין לחיים שהכיר עד כה. תחת הדרכתו של קנ וואטאנבה, הוא לומד את דרכי החרב ואת המשמעות העמוקה של חיי הלוחם. דרך המפגש עם הסמוראים, אלגרן מתחיל להרהר מחדש על זהותו ועל עמדותיו, ונתקל בדילמה קשה – האם להצטרף לצד המודרניזציה המהירה שמובילה הנשק האש, או להיאחז בערכי הכבוד והמסורת של הסמוראים. במקביל, דמות נשית מרכזית משפיעה על בחירתו ומעמיקה את הקונפליקט הפנימי שלו בין עולם ישן לעולם חדש. אלגרן מוצא את עצמו במרכז מאבק בין חרב לאקדח, בין מסורת למודרניות, כשהעתיד של יפן תלוי בהחלטתו. הסיפור מתאר את המאבק הפנימי והחיצוני של אלגרן, שמחפש משמעות חדשה לחייו בתוך סערת השינויים החברתיים והפוליטיים שמסביבו. הסמוראי האחרון מציג גם את המתח בין נאמנות אישית לבין נאמנות למדינה המתחדשת, כאשר אלגרן מתמודד עם הבחירה האם להישאר נאמן לערכי הסמוראים או לתמוך בשינויים שהקיסר מיישי מנסה להוביל. הסרט מדגיש את היופי והכאב שבסיום עידן שלם, תוך הצגת נופים מרהיבים וקרבות דרמטיים שממחישים את המאבק בין מסורת לטכנולוגיה. בסופו של דבר, אלגרן מוצא משמעות חדשה בחייו דרך ההקרבה והכבוד, כשהוא הופך לסמל של ההמשכיות והכבוד גם בעידן משתנה. הסרט מבוסס על אירועים היסטוריים אמיתיים, אך מוסיף נופך דרמטי ואנושי שמקרב את הצופה לתרבות הסמוראים ולתקופה המורכבת הזו ביפן.
