פוניו היא דג זהב קטן שחיה במעמקי הים, אך סקרנותה דוחפת אותה לעלות אל פני המים כשהיא רוכבת על מדוזה. בדרך היא נתפסת בתוך צנצנת ונשטפת אל החוף, שם מוצא אותה סוסוקה (יוקי אממי), ילד בן חמש. סוסוקה מציל את פוניו ומביא אותה לביתו, כשהיא שוכנת בדלי קטן. פוניו, שבעלה הוא קוסם חזק ששונא את העולם האנושי, מתאהבת בסוסוקה ומחליטה שהיא רוצה להפוך לבת אדם כדי להישאר לצדו. אביה של פוניו, שמנסה להחזיר אותה לים, מתנגד בתוקף לרצונה, אך הכוחות הקסומים של פוניו מתחילים לשנות את המצב. יחד עם סוסוקה, פוניו יוצאת למסע מרגש בין הים ליבשה, כשהם נאלצים להתמודד עם אתגרים רבים שמאיימים על מערכת היחסים ביניהם ועל האיזון בין עולמות הטבע והאנושות. הקשר העמוק שנרקם ביניהם בוחן את גבולות החברות והאהבה, כשהם מגלים עד כמה כוחו של לב טהור יכול לשנות את המציאות. פוניו, עם כוחותיה הקסומים, מנסה למצוא את מקומה בעולם החדש, בעוד סוסוקה לומד מהי אחריות ואומץ. המסע שלהם מלא ברגעים קסומים, סכנות בלתי צפויות והבנה עמוקה של משמעות הבית והזהות. בסופו של דבר, פוניו וסוסוקה חייבים לבחור בין העולם הימי שבו פוניו נולדה לבין העולם האנושי שאליו היא שואפת להשתייך, כשהם מבינים שהקשר ביניהם יכול לגשר בין שני העולמות ולהביא שלום ושינוי. הסרט מציג גם דמויות נוספות, כמו אמו של סוסוקה, שמגלה אמפתיה כלפי פוניו, ואביה של פוניו, שמנסה לשמור על הסדר הימי. האיומים הטבעיים, כמו סופת ים אדירה, מדגישים את המתח בין שני העולמות. בסופו של דבר, פוניו מצליחה להפוך לבת אדם, והקשר שלה עם סוסוקה מסמל את ההרמוניה האפשרית בין טבע לאנושות. הסרט משלב אנימציה מרהיבה עם מסרים עמוקים על אהבה, קבלה וסביבה.
