הסרט עוקב אחר סוכן צעיר במשטרת ניו יורק, ג'יימס אדמס (ויל סמית'), שמגויס לארגון סודי בשם "גברים בשחור". הארגון, שמורכב מסוכנים מיומנים כמו קיי (טומי לי ג'ונס), אחראי לשמור על כדור הארץ מפני איומים חייזריים ולהסתיר את קיומם מהציבור הרחב. ג'יימס, שמכונה סוכן J, מוצא את עצמו מתמודד עם משימות מורכבות ומסוכנות לצד סוכן K הוותיק, שנדרש ללמד אותו את רזי המקצוע ולשמור עליו בחיים. האיומים המרכזיים מגיעים מיצורים חייזריים מתוחכמים, ביניהם מין חרקי מתקדם שמסכן את קיומם של בני האדם. ג'יימס וקיי חייבים לא רק להתמודד עם האיום הפיזי, אלא גם לשמור על זהותם הסודית כדי שלא ייחשף הארגון. במהלך הסרט הם מגלים רשת סבוכה של מזימות חייזריות, נאלצים להשתמש בטכנולוגיות מתקדמות ומגלים מי מהחייזרים מסתתר בין בני האדם. הדינמיקה בין השניים, הסוכן הוותיק והסוכן החדש, מלווה בהומור, מתח ופעולה בלתי פוסקת. השילוב בין יכולותיו של ג'יימס, שנכנס לעולם בלתי מוכר ומסוכן, לבין הניסיון והקור רוח של קיי, הופך אותם לצוות בלתי מנוצח. הם נלחמים לא רק על חייהם אלא על עתיד האנושות כולה, כשהם פועלים מתוך צללים ומסתירים את פעילותם מהעולם. המאבק שלהם נגד האיום החרקי הוא קריטי, ומשמעותי לשמירת הסדר והביטחון בכדור הארץ. במהלך הסרט, גברים בשחור משתמשים בטכנולוגיות מתקדמות כמו מחוק הזיכרון, שמאפשר להם למחוק זיכרונות של עדים לא רצויים ולשמור על סודיות הפעילות שלהם. בנוסף, הם מתמודדים עם דמויות חייזריות שונות, שחלקן ידידותיות וחלקן מסוכנות במיוחד. הסרט מדגיש את החשיבות של עבודת צוות, נאמנות ומסירות למטרה העליונה – הגנה על האנושות. בסופו של דבר, סוכן J מצליח להתפתח ולהפוך לסוכן מיומן, בעוד שסוכן K מוצא דרך לשלב בין חייו האישיים למשימתו הסודית. הסרט משלב אלמנטים של מדע בדיוני, פעולה וקומדיה, ויצר זיכיון מצליח שזכה להמשך בסרטים וסדרות טלוויזיה.
