קוסקו (דיוויד ספייד) הוא קיסר צעיר ויהיר שמנהל את ממלכתו ביד רמה, אך חייו משתנים באופן דרמטי כאשר איזמה (ארת'ה קיט), מנהלתו לשעבר הרעה והתחבולנית, מטילה עליו כישוף שהופך אותו ללמה. כשהוא מוצא את עצמו בגוף של חיה, קוסקו נאלץ להתמודד עם המציאות החדשה וללמוד להסתגל לסביבה שונה לחלוטין. בשלב זה הוא פוגש את פאצ'ה (ג'ון גודמן), רועה למות טוב לב וענייני, שמסכים לעזור לו לחזור לממלכה ולהחזיר את כסאו. השניים יוצאים למסע מלא אתגרים, סכנות והרפתקאות, שבו קוסקו לומד להעריך את העולם מזווית שונה ולהבין את חשיבות החברות והענווה.
במהלך המסע, קוסקו ופאצ'ה נאלצים להתמודד עם מזימותיה של איזמה, שמנסה למנוע את חזרתו של הקיסר לשלטון כדי להשתלט על הממלכה בעצמה. לצד האקשן וההרפתקאות, הסרט מציע רגעים קומיים רבים שנובעים מהפערים בין האישיות המתנשאת של קוסקו לבין המצב הלא שגרתי שבו הוא מצוי. ההרפתקה מחזקת את הקשר בין קוסקו לפאצ'ה ומלמדת את הקיסר הצעיר להסתכל על החיים בעיניים חדשות, להיות אמפתי יותר ולהבין את האחר. בסופו של דבר, המסע של קוסקו הוא לא רק ניסיון להחזיר את הכתר אלא גם תהליך של התבגרות אישית וצמיחה, שמוביל אותו להפוך למנהיג טוב יותר ולבן אדם שונה ממה שהיה בתחילת הדרך. לאחר שהצליח להתגבר על כל המכשולים, קוסקו חוזר לממלכה עם פאצ'ה לצדו, כשהוא מלא בתובנות חדשות על מנהיגות ויחסים בין אנשים. איזמה מתכננת עוד מזימות, אך הקשר החזק שנוצר בין קוסקו לפאצ'ה והנכונות לשנות את דרכיו מאפשרים לו לנצח אותה ולהחזיר את הסדר לממלכה. הסרט מסתיים בהודיה על חשיבות החברות, הצניעות והכבוד לאחר, ומדגים כיצד שינוי פנימי יכול להשפיע על המציאות החיצונית. דרך ההומור וההרפתקאות, "הקיסר נפל על הראש" מצליח להעביר מסר חיובי על צמיחה אישית וערכים אנושיים.
