קבוצת חיילי מרינס מורדים משתלטת על אלקטרז, האי המבודד שהפך לכלא בלתי חדיר, ומאיימת להשמיד את סן פרנסיסקו באמצעות נשק ביולוגי קטלני. ד"ר סטנלי גודספיד (ניקולס קייג') הוא כימאי מבריק ומומחה לחומרים מסוכנים, היחיד שיכול לפענח את האיום ולהשמיד את הנשק לפני שיהיה מאוחר מדי. כדי להצליח במשימה כמעט בלתי אפשרית, הוא זקוק לעזרתו של ג'ון מייסון (שון קונרי), פושע מסוכן לשעבר שהיה האסיר היחיד שהצליח לברוח מאלקטרז. מייסון, שמכיר את המבנה והמערכות הסודיות של האי, מסכים לסייע לגודספיד בתנאי שיקבל חנינה על עברו הפלילי.
השניים נכנסים למבוך התת-קרקעי של אלקטרז, שבו כל צעד עלול להיות האחרון. הם נאלצים להתמודד עם המרינס המורדים שמונעים מהם להגיע לליבת האי ולנטרל את הנשק הביולוגי. תוך כדי המאבק, גודספיד ומייסון מתמודדים לא רק עם האויבים החיצוניים אלא גם עם חוסר האמון והמתח ביניהם. השילוב בין הידע המדעי של גודספיד לבין הניסיון והאינטואיציה של מייסון הוא התקווה היחידה להצלת העיר. עם תמיכה מוגבלת מהכוחות הממשלתיים, השניים חייבים לשתף פעולה ולהתגבר על מלכודות, מארבים וסכנות בלתי צפויות. כל החלטה וכל רגע הם קריטיים במאבק להצלת סן פרנסיסקו מאסון ביולוגי חסר תקדים. ג'ון מייסון (שון קונרי) וד"ר גודספיד יוצאים לקרב על החיים, כשההצלחה שלהם תלויה באומץ, תושייה והקרבה. רק כך יוכלו להשיב את השלום לאי אלקטרז ולעיר כולה.
