קל-אל (ברנדון רות') חוזר לכדור הארץ אחרי היעדרות ממושכת, בתקופה שבה העולם המשיך להתקדם ולהתמודד עם אתגריו בלעדיו. הוא יצא למסע פנימי כדי למצוא את עצמו מחדש, אך מגלה כי חייו השתנו משמעותית. לויס ליין (קייט בוסוורת') המשיכה הלאה, בנתה חיים חדשים ונפרדה מהעבר המשותף איתו. קל-אל חש תחושת ניכור ותחושת חוסר תכלית, כאילו הוא כבר לא נחוץ לעולם שמכיר אותו. כשהוא מנסה להסתגל למציאות החדשה, הוא מגלה כי אויב ותיק מחכה לו, מוכן לאתגר שיחזיר אותו לקרב על גורל האנושות.
המסע של סופרמן מוביל אותו להרפתקאות מסוכנות ומפתיעות, הן במעמקי האוקיינוס והן בחלל החיצון, שם הוא נאלץ להתמודד עם כוחות שמסכנים לא רק את כדור הארץ אלא את כל המערכת השמשית. במהלך המסע הוא נחשף לעברו ולשורשים שלו, ומגלה כי יש לו תפקיד חשוב לשחק גם בעידן החדש. במהלכו, דמותו של מרלון ברנדו, שגילם את אביו של קל-אל, חוזרת לחיים בצורה מטאפורית, ומספקת לו תובנות על זהותו ועל גורלו. הסיפור מציג את המאבק הפנימי והחיצוני של סופרמן, כשהוא מנסה למצוא את מקומו בעולם שמשתנה במהירות, ולהגן על האנושות מפני סכנות חדשות. הוא עומד בפני החלטות קשות, שמאתגרות את האמונה שלו בעצמו ובכוחותיו, ומאלצות אותו להוכיח שוב מדוע הוא גיבור על. במהלך המסע, סופרמן מתמודד עם שאלות מוסריות עמוקות לגבי השימוש בכוחותיו והשפעתו על האנושות. הוא נדרש לשקול מחדש את תפקידו כגיבור וכמגן, כאשר העולם סביבו משתנה במהירות ודרישות חדשות מופנות אליו. בנוסף, מערכת היחסים המורכבת עם לויס ליין מוסיפה עומק רגשי לסיפור, כשהם מנסים למצוא דרך לשלב את העבר עם ההווה. בסופו של דבר, סופרמן מבין כי כוחו האמיתי טמון לא רק בכוחות העל-אנושיים, אלא גם באמונה שלו בעצמו ובאחרים, ומחליט להקדיש את חייו להגן על העולם, גם אם זה אומר להקריב את רצונותיו האישיים. הסרט מציג מסר של תקווה, אחריות וגבורה, ומזמין את הצופים לחשוב על משמעות הגיבורים בעידן המודרני.
