שלוש משפחות שונות חולקות בניין בן שלוש קומות, כל אחת עם סיפור חיים משלה, אך לילה אחד אירוע טראגי משנה את מסלול חייהן. הזוג שמתגורר בקומה העליונה, שמודאג מאוד מבתם הקטנה, מוצא את עצמו מתמודד עם חרדות עמוקות בעקבות התאונה שפקדה את הבניין. במקביל, צעירה שחוזרת לבית ריק מהווה סמל של בדידות ושבר, כשהיא מנסה להתמודד עם ההשלכות הרגשיות של מה שקרה. בקומה השנייה מתגוררים זוג שופטים, שמוצאים עצמם מול מעשה מזעזע שמערער את האמונות והערכים שלהם. הם נאלצים להתמודד עם שאלות מוסריות קשות, כשהם מנסים לשמור על איזון בין תפקידם הציבורי לבין חייהם הפרטיים. הקומה התחתונה היא ביתה של משפחה נוספת, שגם היא לא נשארת אדישה לאירועים, ומנסה למצוא דרך להמשיך קדימה למרות הכאב והבלבול.
הסרט מתמקד בנושאים של הורות, קשרי אחים, וחמלה אנושית, כשהדמויות מנסות למצוא משמעות בתוך כאב וטרגדיה. כל דמות מתמודדת עם האובדן והפחד בדרכה, והבניין עצמו הופך לסמל למקום שבו החיים מתערבבים, נקרעים ומתחדשים. בין רגעים של ייאוש ותקווה, הסרט מציג את המורכבות של מערכות יחסים משפחתיות ואת האופן שבו אירוע אחד יכול לשנות את כל מה שנחשב מובן מאליו. בסופו של דבר, כל אחת מהמשפחות נאלצת למצוא מחדש את הכוח להמשיך ולחיות, כשהן לומדות על חשיבות התמיכה ההדדית והאמפתיה. הסרט מציג גם את המורכבות הפסיכולוגית של הדמויות, כשהן מתמודדות עם רגשות אשמה, כעס ותקווה. המצלמה המדויקת והבימוי העדין של נני מורטי מאפשרים לצופה להרגיש את עומק הקונפליקטים הפנימיים ואת הקושי למצוא איזון בין החיים הפרטיים והחברתיים. דרך סיפוריהן של המשפחות, הסרט מדגיש את הצורך בהבנה ובקבלה של השונה, ומראה כיצד חמלה יכולה להיות כוח מרפא גם בזמנים החשוכים ביותר. בסופו של דבר, "שלוש קומות" הוא יצירה קולנועית שמזמינה לחשוב על משמעות המשפחה, האחריות והקשר האנושי בסביבה מורכבת ומשתנה.
