במהלך התקפת טרור אלימה בשנת 2012 בבנגאזי, לוב, צוות אבטחה אמריקאי מוצא את עצמו במרכזו של סיוט אמיתי. הקונסוליה האמריקאית מותקפת באכזריות על ידי קבוצת טרוריסטים, והכוחות האבטחה, שכל תפקידם להגן על השגריר, נכשלו במשימתם. השגריר נהרג במהלך ההתקפה, והאירועים מתגלגלים לכאוס מוחלט שבו כל שנייה היא קריטית. ג'ון קרסינסקי, ג'יימס באדג' דייל ופבלו שרייבר מגלמים את חברי צוות האבטחה שנאבקים על חייהם ועל ביטחון הנותרים, תוך שהם מנסים להתמודד עם המצב הקשה והבלתי צפוי.
הסרט מתמקד במאבקם של החיילים הסודיים, שמנסים לשמור על הסדר בתוך הכאוס, ולהגן על אנשי הצוות והאזרחים האמריקאים במקום. הם מנסים להבין מדוע נכשלו מערכות האבטחה ומדוע לא התקבלה תגובה מספקת בזמן אמת. בכל רגע הם מתמודדים עם סכנות מתמשכות, מתקפות נוספות, וחוסר ודאות לגבי גורלם. הסרט מציג את הלחץ הנפשי והפיזי שכרוך במשימה, כמו גם את תחושת האחווה והנחישות של הלוחמים. הסיפור חושף את הפער בין ההבטחות למיגון לבין המציאות בשטח, ומדגים כיצד צוות קטן של לוחמים אמיצים מצליח לשרוד ולהגן על מה שנשאר למרות כל הקשיים. במהלך 13 השעות האלו, הם נלחמים לא רק מול האויב החיצוני אלא גם מול כשלי התקשורת והניהול, כשכל החלטה עלולה להיות ההבדל בין חיים למוות. הסרט מדגיש גם את ההשלכות הפוליטיות והתקשורתיות של האירוע, כשהציבור האמריקאי מתוודע לפרטים הקשים של ההתקפה והכישלונות שנחשפו. במקביל, הוא משקף את האומץ והמסירות של החיילים, שהקריבו את עצמם למען האחרים, ומזכיר את החשיבות של הערנות וההכנה במצבי חירום. באמצעות סצנות פעולה מותחות ופרטים היסטוריים מדויקים, הסרט מזמין את הצופים להרהר במורכבות של מלחמה מודרנית, בסכנות שבשירות הצבאי ובמחיר האישי של הגנה על ערכים ודמוקרטיה. בסופו של דבר, "13 שעות" הוא סיפור על גבורה אנושית, התמודדות עם משברים ותקווה למרות האפלה.
