נפוליאון דינמיט (ג'ון הידר) חי בבית סבתו הקשישה, בסביבה כפרית ומוזרה שמלווה אותו מאז ילדותו. הוא נער יוצא דופן, עם אהבה מוזרה למוזיקה וריקודים, שמנסה לנווט את חייו המורכבים בין משפחה לא שגרתית ותחביבים מוזרים. לצד נפוליאון מתגורר אחיו הגדול בן ה-31, שמוסיף עוד נדבך של תסבוכות ודרמה לבית המשפחתי. למרות הקשיים והבדידות, נפוליאון הוא בן אדם טוב שמוכן לעזור לאחרים, אפילו כשאין לכך צורך ממשי, והגישה הזו יוצרת סיטואציות קומיות ומלאות חן.
נפוליאון מתעניין מאוד בחייו של דודו ריקו, אדם מסתורי עם עבר של לוחם נינג'ה, שלכאורה מנהל עסק מפוקפק. סקרנותו כלפי דודו מובילה אותו לגלות צדדים חדשים ומשעשעים של המשפחה ושל עצמו. הסרט מציג את הקשיים היומיומיים של נפוליאון – מהתמודדות עם חברים בבית הספר ועד לניסיונותיו להוכיח את עצמו בסביבה שמקבלת אותו באיטיות. כל אלה מתערבבים בקומדיה ייחודית שמציגה דמות ראשית עם לב ענק ונפש מיוחדת, שמנסה למצוא את מקומו בעולם.
הסיפור מתפתח בין רגעים של בדידות, תסכולים חברתיים והומור מתוחכם, כשנפוליאון מנסה לשרוד את ימי התיכון ולשמור על הקשר עם משפחתו המורכבת. בין הריקודים המוזרים, ההרפתקאות עם דודו ריקו והניסיונות לעזור לחבריו, נפוליאון דינמיט מגלם דמות בלתי נשכחת של נער שמנסה לפרוץ את הגבולות של הסביבה הצנועה שבה הוא גדל. הסיפור שלו הוא מסע קומדי מרגש על קבלה עצמית, חברות ומשפחה, שמראה איך אפשר למצוא אור גם במקומות הכי לא צפויים.
