יחידת המתאבדים פותחת צוהר לעולם אפל שבו ממשלת ארצות הברית מפעילה סוכנות סודית בשם A.R.G.U.S., בראשות אמנדה וולר (ויולה דיוויס), שמטרתה להילחם באיומים שמסכנים את המדינה בדרכים לא שגרתיות. כדי להתמודד עם משימות מסוכנות במיוחד, וולר יוצרת יחידה מיוחדת – קבוצת עבריינים-על שנכלאו, כל אחד עם כישורים ייחודיים ויכולת הרסנית, שמקבלים הזדמנות להפחית את עונשם בתמורה להשתתפות במבצעים קטלניים. היחידה, המוכרת כ"יחידת המתאבדים", כוללת דמויות כמו דדשוט (ויל סמית'), רטטוילר (מרגו רובי) ודמויות נוספות, שכל אחת מהן נושאת מטען אישי כבד.
המשימה הראשונה של היחידה מתמקדת במניעת אסון שמאיים על העולם, כאשר הם נשלחים להתמודד עם איום על-טבעי חזק ומסוכן. למרות שהסיכויים לשרוד נמוכים מאוד, כל אחד מחברי היחידה חייב להסתמך על כישוריו ועל שיתוף הפעולה עם האחרים, גם אם האמון בין חברי הקבוצה הוא דליל ביותר. אמנדה וולר מבטיחה להם חנינה מלאה אם יצליחו במשימה, אך ספקות כבדים עולים לגבי כנות ההבטחה הזו והאם באמת יוכלו לסמוך על הסוכנות. המתח גובר כשהיחידה מתמודדת עם איומים פנימיים וחיצוניים, תוך מאבק על הישרדות ושחרור מעול העבר. כל דמות נאלצת להתמודד עם הקונפליקטים הפנימיים שלה, והסכנות האורבות לכל פינה מחייבות אותם לקבל החלטות גורליות. יחידת המתאבדים הופכת לכר פורה לדרמה אנושית לצד אקשן בלתי פוסק, כשהעתיד של כל חברי הקבוצה תלוי בהצלחתם במשימה כמעט בלתי אפשרית.
