לאחר שבלש בשם ליאו (אלייז'ה ווד) מבחין בנקודה מסתורית בשמיים, העיתונאית ג'ני (תה לאוני) יוצאת לחקור ולחשוף את האמת. מתברר כי הנקודה היא מטאור ענק המתקרב במהירות לכדור הארץ ומאיים להשמיד את כל החיים עליו. הנשיא (מורגן פרימן) מודיע לציבור על הסכנה הקיומית, ומתחיל תהליך חירום להצלת האנושות. הקפטן טאנר (רוברט דובאל) מוביל צוות משימה מסוכנת שמטרתה להשמיד את המטאור לפני שיגיע לכדור הארץ, אך הדרך להצלחה רצופה אתגרים ומכשולים.
במקביל, הסרט מתמקד בקשרים האנושיים שמתערערים תחת לחץ האסון המתקרב. מערכת היחסים בין ליאו לבין חברתו שרה נבחנת לעומק, כמו גם הקשרים בין הורים לילדיהם, כשהם נאלצים להתמודד עם ההחלטות הקשות שמחייבים הקרבה עצמית ומאבק על הישרדות. כל דמות מתמודדת עם הפחד והתקווה במציאות שבה לא כל אחד יזכה לסוף טוב. הסרט מציג את המאבק ההומני והמדעי להצלת העולם, תוך התמקדות באמוציות ובקונפליקטים האישיים של הגיבורים. למרות המאמצים, ההישרדות אינה מובטחת לכולם, והקרבות הפנימיים לצד המסע החיצוני הופכים לסיפור על גבורה, אובדן וקבלת גורל. "פגיעה קטלנית" חושף את עומק הרגש האנושי מול האיום האסטרונומי, ומעלה שאלות על משמעות החיים והקרבה למען עתיד האנושות. המשימה של הקפטן טאנר וצוותו נושאת סיכונים עצומים, כשהם מתמודדים עם כשלי ציוד, לחצים פסיכולוגיים והחלטות גורליות. במקביל, הנשיא וממשלתו מתמודדים עם הדילמות האתיות הכרוכות בבחירת מי יינצל ומי יישאר מאחור. הסרט מדגיש גם את התפקיד של המדע והטכנולוגיה במאבק נגד האסון, ומציג את השותפות הבין-לאומית שנוצרת כדי לשרוד. לצד הסיפור המרכזי, מוצגים רגעים של חמלה, תקווה ופיוס בין דמויות שונות, המדגימים את רוח האדם אל מול האסון. בסופו של דבר, הסרט משאיר לצופים מחשבה על חשיבות האחדות והאומץ בזמנים הקשים ביותר, ועל המחיר הכבד של הישרדות בעולם שמאיים להיעלם.
