לפני 28 שנים נחת ספינת חלל מעל יוהנסבורג שבדרום אפריקה, ובה נמצאו חייזרים עייפים ומותשים. הממשלה המקומית העניקה להם מעמד של פליטים, אך במקום לשלבם בחברה, הם הוצבו באזור מבודד בשם מחוז 9. החייזרים, המוגדרים כפליטים אומללים, מתקיימים בתנאים קשים ומקבלים מזון מהתושבים המקומיים בתמורה לנשק ייחודי שהם מייצרים, נשק שאיש אחר לא מסוגל להשתמש בו. האזור הפך למעין גטו שבו החייזרים חיים במצוקה, והמתחים בין התושבים לבין הפליטים גוברים.
חברת MNU, גוף פרטי המנהל את המחוז, מחליטה להעביר את החייזרים למחנה חדש ומבודד יותר, מתוך רצון לשלוט בטכנולוגיה ובנשק הייחודי שלהם. המטרה האמיתית של MNU היא לנצל את הטכנולוגיה החייזרית לצרכיה, ולכן הם פועלים להעביר את החייזרים בכפייה ולבודד אותם עוד יותר. במהלך התהליך, מתפתח סיפור מורכב סביב אחד האנשים המעורבים, שמתמודד עם המציאות הקשה של הפליטים החייזריים והניסיונות של MNU לשלוט בהם. הסרט מתאר באופן דרמטי את המאבק בין בני האדם לחייזרים, את הפערים החברתיים ואת ניצול הכוח של הממסד. דרך עיניו של הגיבור, שרלטו קופליי (Sharlto Copley), נחשפים הקונפליקטים המוסריים והפוליטיים שמאחורי הסיפור, כשהוא נאלץ להתמודד עם ההשלכות של ההחלטות שהוא מקבל בתוך עולם שבו הגבולות בין טוב לרע מטושטשים. המחיר של השליטה בטכנולוגיה החייזרית והגורל של מחוז 9 תלויים בהחלטות שיתקבלו במאבק ההישרדות הזה. הסרט משלב אלמנטים של מדע בדיוני עם ביקורת חברתית חזקה, ומציג את הסכנות שבגזענות, דיכוי ואפליה. העלילה מתמקדת גם בשינויו האישי של הגיבור, שמתחיל כמפקד צבאי קר ומנוכר אך בהמשך מפתח אמפתיה כלפי החייזרים. באמצעות סגנון צילום דוקומנטרי, הסרט מעמיק את תחושת המציאות והדחיפות, ומעלה שאלות על זכויות אדם, צדק ויחסי כוח בחברה מודרנית. "מחוז 9" זכה לשבחי ביקורת והפך לסמל תרבותי בז'אנר המדע הבדיוני.
