איאן מאלקום (ג'ף גולדבלום) חוזר אל אי מבודד מול חופי קוסטה ריקה, שבו שורדים דינוזאורים שנולדו וגדלו במקום המכונה "אתר ב'". ג'ון המונד (ריצ'רד אייטנברו) חושף כי לאי זה, שונה מאי פארק היורה המקורי, יש מערכת אקולוגית משגשגת שבה הדינוזאורים חיים בטבעיות יחסית לאחר האסון שקרה בעבר. המונד מזמין את מאלקום ואת ד"ר הארדינג (ג'וליאן מור) להצטרף אליו כדי להציג לעולם את הסביבה שבה הדינוזאורים מתקיימים, מתוך רצון להראות שלא מדובר רק ביצורים שנבראו במעבדה אלא בייצורים חיים בסביבה טבעית.
המשימה מתבררת כמסוכנת הרבה יותר ממה שציפו. האי מלא באיומים, לא רק מהדינוזאורים עצמם אלא גם מהאנשים שמגיעים לשם עם מטרות שונות, חלקן מסחריות ואחרות אישיות. מאלקום והארדינג מתמודדים עם מצבים מורכבים כשהם מגלים שהדינוזאורים אינם יצורים שניתן לשלוט בהם, והטבע שלהם חזק ובלתי צפוי. בין הקשיים, הם נאלצים להתמודד עם טירנוזאורוס אימתני ועם סביבה פראית שמאיימת על חייהם. הסרט מציג את המתח שבין הרצון לשמר ולחקור את הדינוזאורים לבין הסכנות האורבות בהחזרת יצורים קדומים לעולם המודרני. במרכז הסיפור עומד מאבק הישרדות על האי, כשמאלקום והארדינג מנסים לשמור על חייהם ולחשוף את האמת על המקום שבו הדינוזאורים ממשיכים לחיות. המתח עולה ככל שהסכנות גוברות והבחירה בין הצלת הדינוזאורים לבין ביטחון האנשים נעשית קשה יותר. בסופו של דבר, מאלקום והארדינג מצליחים לברוח מהאי, אך לא לפני שהצליחו להביא איתם הוכחות לקיום הדינוזאורים ולחשוף את הסכנות שבניסיון לנצל אותם למטרות רווח. הסרט מדגיש את הצורך באחריות מוסרית כלפי יצורים חיים והטבע, ומעלה שאלות על השלכות המדע והטכנולוגיה כאשר הם מתערבים במערכת האקולוגית. העלילה מסתיימת בהבטחה להמשך סיפור, כשהעולם מתעורר לעובדה שהדינוזאורים קיימים מחוץ למעבדה וכי יש לשקול היטב את הדרך בה יטופלו בעתיד.
