סצוקו וסייטה הם אחים צעירים שחיים ביפן בזמן מלחמת העולם השנייה. לאחר שהאם שלהם נהרגה במתקפת אוויר, הם מוצאים מחסה זמני אצל קרובי משפחה. אולם היחסים עם הדודה מתוחים ומלאים במריבות, מה שמוביל אותם לעזוב את העיר ולחפש מקום משלהם. הם מוצאים מחסה במקלט נטוש שבו מנסים לשרוד לבד, מבלי לדעת מה עלה בגורל אביהם. האחים תלויים זה בזה במאבק הקשה להשגת מזון ובשמירה על החיים תחת תנאים קשים של רעב וחוסר ביטחון. ככל שהימים עוברים, הם מתמודדים עם ההשלכות הקשות של המלחמה ועם תחושת הבדידות והייאוש. היחסים ביניהם מעורבים באהבה ובתחושת אחריות עמוקה, אך גם באומץ להתמודד עם המציאות הקשה. האור היחיד בחייהם הוא האור הזעיר של הגחליליות שמאירות את הלילה ומסמלות עבורם תקווה ושבריריות. הסרט מתאר את סיפורם הטראגי של סצוקו וסייטה, שנאבקים לשרוד בעולם שהפך עוין ומסוכן, כאשר כל רגע הוא מאבק על החיים עצמם. עם הזמן, הם נחלשים תחת הרעב והקושי, והסיפור מציג בצורה נוגעת ללב את המחיר האנושי האיום של המלחמה דרך עיניהם של ילדים שנאלצים להתמודד עם אובדן, בדידות וייאוש. קבר הגחליליות הוא סיפור על אהבה, אובדן ותקווה במציאות קשה, שבו האחים מנסים לשמור על האנושיות שלהם מול זוועות המלחמה. הסרט משקף ביקורת חברתית נוקבת על חוסר התמיכה מצד החברה והמדינה כלפי האזרחים הפגיעים בזמן מלחמה. דרך סיפורם של סצוקו וסייטה, הסרט מדגיש את ההשלכות הטראגיות של המלחמה על ילדים תמימים, שמאבדים את משפחתם ונאלצים להתמודד עם מציאות אכזרית ללא עזרה. הבימוי של איסאו טקאתה והאנימציה המפורטת יוצרים חוויה רגשית עוצמתית שמזמינה את הצופים לחשוב על המחיר האנושי של סכסוכים מזוינים. הסרט נחשב לאחד מיצירות המופת של הקולנוע היפני, וממשיך להשפיע על דורות של צופים ברחבי העולם בזכות המסר האוניברסלי שלו על חמלה, אחריות אנושית ותקווה גם בזמנים חשוכים.
