בשנת 1858, אדגרדו מורטארה בילדותו (אנה סלה) נחטף מבית משפחתו היהודית בבולוניה על ידי חיילי האפיפיור פיוס התשיעי (פולו פיארובון), בעקבות פקודת הקרדינל ג'אקומו אנטונלי (פיליפו תימי). החיילים פורצים לביתם של מורטארה ופוגעים בשלום המשפחה, כשהם לוקחים את אדגרדו בכפייה. הילד, שנקבר בסתר על ידי משפחתו, הוטבל בנצרות בניגוד לרצון הוריו, ומאז חייב לקבל חינוך קתולי. ההורים, מריאנה פדובאני מורטארה (ברברה רונצ'י) ופייר גאטאנו פלטי (פבריציו גיפיני), נאלצים להתמודד עם האובדן הכואב ולחפש תמיכה ציבורית נרחבת במאבק להשבתו.
המאבק של משפחת מורטארה לא נותר רק בגבולות איטליה; הקהילה היהודית ברחבי העולם מתגייסת למאבק למען שחרורו של אדגרדו, ומבקשת לחשוף את העוול שנעשה לו ולמשפחתו. במקביל, הכנסייה הקתולית מתכוננת להגן על החלטתה ולשמור על אדגרדו כחלק מהקהילה הנוצרית. הסיפור מתאר את המאבק העיקש בין אמונות דתיות, זכויות משפחתיות וחופש הפרט, כשההורים נלחמים על זכותם לשמור על בנם בתוך עולם מלא במתח פוליטי ודתית. האפיפיור פיוס התשיעי (פולו פיארובון) עומד במרכז הסכסוך, כשהוא מייצג את הכוח הדתי שמחולל את השבר בחיי משפחת מורטארה. הסרט חושף את המורכבות של התקופה, את הקונפליקט בין דת לחירות אישית, ואת המחיר האנושי הכבד של מאבקי כוח אלה. אדגרדו, הילד שנחטף, הופך לסמל של מאבק על זהות, אמונה וזכויות אדם, כשהעתיד שלו תלוי בהחלטות שמתקבלות במעגלי הכוח של אותה תקופה סוערת.
