בשנת 1941 בפריז הכבושה על ידי הנאצים, יוסף הפמן (דניאל אוטיי) הוא צורף יהודי מצליח שמבין כי חייו ובני משפחתו בסכנה. מתוך דאגה לשלומם, הוא שולח את משפחתו לשווייץ בתקווה להגן עליהם מהסכנות המתקרבות. עם התגברות הכיבוש הנאצי בעיר, הפמן נאלץ להסתתר במרתף ביתו כדי להימנע מהמעצר. הוא סומך על פרנסואה מרסייה (ג'ילס לולש), אדם שאינו יהודי, שייקח על עצמו את ניהול החנות ויגן עליה מפני הנאצים. מרסייה, שאפתן ומעוניין להקים משפחה, מוצא את עצמו בסיטואציה מורכבת כשהוא נושא בעול השמירה על החנות ומסתיר את הפמן, שמסתתר מתחת לאפם של הכובשים. אשתו של מרסייה מצטרפת למאמץ ההסתרה, והיחסים בין השלושה מתפתחים במורכבות רגשית וחברתית, כאשר כל אחד מהם נאבק בשאלות של נאמנות, אמון וגבולות מוסריים במציאות של מלחמה ואיום מתמיד. במקביל, המלחמה מסביבם מתגברת, והסכנות מתקרבות אליהם בכל רגע. הסיפור מתמקד במאבק הישרדות אישי לצד המתח המתמיד בין הרצון להגן על הקרובים לבין הצורך לשמור על זהות ומוסר בתוך מציאות עוינת. הפמן, מרסייה ואשתו יוצאים למסע של התמודדות עם פחד, בגידה ותקווה, כאשר כל צעד שלהם עשוי לשנות את גורלם לנצח. המתח בין ההגנה על החנות לבין ההסתרה של הפמן הופך לסמל למאבק האנושי בתוך סערת המלחמה. הסרט מציג גם את הקשיים המוסריים שבהם נתקלים הדמויות, כשהן חייבות לקבל החלטות קשות תחת לחץ מתמיד. הקונפליקט הפנימי של מרסייה בין השאיפות האישיות לבין האחריות כלפי הפמן מדגיש את המורכבות האנושית בתקופת השואה. בנוסף, הקשר המתפתח בין שלושת הדמויות מעלה שאלות על אמון, נאמנות, וגבולות ההקרבה. דרך סיפורם, הסרט מדגיש את החשיבות של סולידריות ותקווה גם בזמנים האפלים ביותר. "להתראות מר הפמן" הוא דרמה היסטורית מרגשת, שמצליחה להעביר את המתח, הפחד והאנושיות שבתקופת הכיבוש הנאצי בפריז.
